当前解析结果
SmilChr07G002229| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002229 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002229 |
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 26 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 20504358 - 20505390 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993308 |
|---|---|
| GeneID | 130993308 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993308 |
| 原始查询 | SmilChr07G002229 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 26 |
| 产物 | NDR1/HIN1-like protein 26 |
| Arabidopsis | AT5G53730 (AT5G53730)Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835454] identity=40.2; qcov=1.14; evalue=1.65e-45; confidence=medium |
| Rice | Os02g0100600- identity=33.2; qcov=1.02; evalue=1.18e-19; confidence=low |
| GO | GO:0098542 (defense response to other organism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03168 (LEA_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993308 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057774128.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774128.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774128.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774128.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774128.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:20504686 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,C30,C45,D9 |
Chr7:20504715 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr7:20504747 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:20504789 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr7:20504852 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,C30,C45,D9 |
Chr7:20504920 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr7:20505001 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B101,B24,B33,B48,B66,B96,C53,D5 |
Chr7:20505003 |
A |
AAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B101,B24,B33,B48,B66,B96,C53,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774128.1PF03168
LEA_2 74-166 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774128.1 |
Pfam | PF03168 |
LEA_2 | Domain | 74 | 166 | 2.5e-06 | 28.6 | Late embryogenesis abundant protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。