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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002230

染色体: Chr07 坐标: 20505640-20510785 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002230
名称SmilChr07G002230
描述two-component response regulator-like APRR5
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向20505640 - 20510785 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993300
GeneID130993300
locus_tag-
NCBI NameLOC130993300
原始查询SmilChr07G002230

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述two-component response regulator-like APRR5
产物two-component response regulator-like APRR5
ArabidopsisAT5G24470 (PRR5)
two-component response regulator-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832518]
identity=51.8; qcov=0.248; evalue=1.07e-34; confidence=weak
RiceOs09g0532400 (OsPRR95)
-
identity=33.3; qcov=1.03; evalue=2.84e-65; confidence=low
GOGO:0000160 (phosphorelay signal transduction system); GO:0005515 (protein binding); GO:0009736 (cytokinin-activated signaling pathway)
KEGGsmil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00072 (Response_reg); PF06203 (CCT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993300

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774118.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774118.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774118.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774118.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057774118.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:20506129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr7:20506158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:20506484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr7:20506827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr7:20507161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:20507662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:20507688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,C45
Chr7:20507963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:20510423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774118.1
696 aa
N
1
348
696
Response_reg
CCT
C
PF00072 Response_reg 54-165 aa PF06203 CCT 645-687 aa
XP_057774119.1
695 aa
N
1
348
695
Response_reg
CCT
C
PF00072 Response_reg 54-165 aa PF06203 CCT 644-686 aa
XP_057774120.1
577 aa
N
1
288
577
CCT
C
PF06203 CCT 526-568 aa
XP_057774121.1
577 aa
N
1
288
577
CCT
C
PF06203 CCT 526-568 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774118.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 54 165 1.6e-21 77.3 Response regulator receiver domain
XP_057774118.1 Pfam PF06203 CCT Motif 645 687 3.9e-17 62.7 CCT motif
XP_057774119.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 54 165 1.6e-21 77.3 Response regulator receiver domain
XP_057774119.1 Pfam PF06203 CCT Motif 644 686 3.9e-17 62.7 CCT motif
XP_057774120.1 Pfam PF06203 CCT Motif 526 568 7.7e-17 61.8 CCT motif
XP_057774121.1 Pfam PF06203 CCT Motif 526 568 7.7e-17 61.8 CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918135.1
AAGCGGACTGTAAAAGGGCATCGCAAGATGACATTACGAGAAAAAGGCGTCTCCATTTTGAGATATTTTGGGTTGAAAAACTGGTGCAGAAGCACAGCTGCTGAAAAAGCGATGAGAAGAACCAGGAGCTAATTCCCAACCGCGACAGTTGTTGTGCTACTTGCTCATATCACATGCTACCTCTCTCAAAGCAGCACCAATCTTCAAACTAATGGGAGAAGTTGTATTGAGCAGTGAAGCCGGAGTTAAAGGGATGGAAA...
XM_057918136.1
AGCGGACTGTAAAAGGGCATCGCAAGATGACATTACGAGAAAAAGGCGTCTCCATTTTGAGATATTTTGGGTTGAAAAACTGGTGCAGAAGCACAGCTGCTGAAAAAGCGATGAGAAGAACCAGGAGCTAATTCCCAACCGCGACAGTTGTTGTGCTACTTGCTCATATCACATGCTACCTCTCTCAAAGCAGCACCAATCTTCAAACTAATGGGAGAAGTTGTATTGAGCAGTGAAGCCGGAGTTAAAGGGATGGAAAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130993300
ATGGGAGAAGTTGTATTGAGCAGTGAAGCCGGAGTTAAAGGGATGGAAAACGACCGCCAACAGAATATCCCGTCTTTGCCCGCCGAGAGCCAGGCTGCGGCGGCCGGCAGCTCGTCTCTGGTCAGGTGGGAGAGGTTTCTGCCGAAATTGGCTGTCAGAGTGCTGTTGGTGGAAGCTGATGATTCCACTAGGCAGATTATTGCTGCCCTTCTCCGGAAATGCAGCTACAAAGTTGCGGCAGTTTCTGATGGTTTAAAAGC...
LOC130993300
ATGGGAGAAGTTGTATTGAGCAGTGAAGCCGGAGTTAAAGGGATGGAAAACGACCGCCAACAGAATATCCCGTCTTTGCCCGCCGAGAGCCAGGCTGCGGCGGCCGGCAGCTCGTCTCTGGTCAGGTGGGAGAGGTTTCTGCCGAAATTGGCTGTCAGAGTGCTGTTGGTGGAAGCTGATGATTCCACTAGGCAGATTATTGCTGCCCTTCTCCGGAAATGCAGCTACAAAGTTGCGGCAGTTTCTGATGGTTTAAAAGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057774118.1
MGEVVLSSEAGVKGMENDRQQNIPSLPAESQAAAAGSSSLVRWERFLPKLAVRVLLVEADDSTRQIIAALLRKCSYKVAAVSDGLKAWEVLKARAENIDLILTEVELPAISGYALLTLIMEHDICKNIPVIMMSSYDSVSIVYKCMLRGAADFLVKPVRKNELRNLWQHVWRKQVQSSGTGLGPPDESMAQQKIEATAENNATSNHSSQQKIEATAENNATSNHSSGYMACVQRNRECIEKGTDAQSSCTRPELETDGPD...
XP_057774119.1
MGEVVLSSEAGVKGMENDRQQNIPSLPAESQAAAAGSSSLVRWERFLPKLAVRVLLVEADDSTRQIIAALLRKCSYKVAAVSDGLKAWEVLKARAENIDLILTEVELPAISGYALLTLIMEHDICKNIPVIMMSSYDSVSIVYKCMLRGAADFLVKPVRKNELRNLWQHVWRKQVSSGTGLGPPDESMAQQKIEATAENNATSNHSSQQKIEATAENNATSNHSSGYMACVQRNRECIEKGTDAQSSCTRPELETDGPDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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