Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002238`

染色体: Chr07 坐标: 20561343-20562637 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002238`
名称	SmilChr07G002238
描述	60S acidic ribosomal protein P1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	20561343 - 20562637 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993319`
GeneID	`130993319`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993319`
原始查询	`SmilChr07G002238`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S acidic ribosomal protein P1-like
产物	60S acidic ribosomal protein P1-like
Arabidopsis	`AT5G24510` (AT5G24510) 60S acidic ribosomal protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832522] identity=66.1; qcov=1.02; evalue=9.07e-47; confidence=medium
Rice	`Os08g0116500` - identity=69; qcov=1; evalue=2.54e-31; confidence=medium
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006414 (translational elongation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit); GO:0030295 (protein kinase activator activity); GO:0043021 (ribonucleoprotein complex binding)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00428 (Ribosomal_60s)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993319

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057774134.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057774134.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774134.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774134.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774134.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:20561515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:20561533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr7:20562093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B56,B96,C14,C82
`Chr7:20562097`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr7:20562246`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr7:20562411`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774134.1

113 aa

113

Ribosomal_60s

PF00428 Ribosomal_60s 22-112 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774134.1`	Pfam	`PF00428`	Ribosomal_60s	Family	22	112	6.2e-30	104.3	60s Acidic ribosomal protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918151.1
TGAGGCCCACACAAAACCCAAAAATCATGAACCCGGGCCATCACCATCCTCAGCCCAAACATAGGGCCGATACATACATATAATAGGGGAACTTTTCTTCCTAACCCTAGACTCGATAAAGCCGCAGCAGCAGTAGAGCAGCATCGCCATCTGCAAAACCCTAATTTCCCACTCACTTCTCTGCAAGAAAAGATGTCGGTTGGAGAGCTCGCTTGCACCTATGCTGCTTTGATTCTTCACGACGATGGAATCCCCATCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993319
ATGTCGGTTGGAGAGCTCGCTTGCACCTATGCTGCTTTGATTCTTCACGACGATGGAATCCCCATCACTGCGGAGAAAATCTCGACCCTGCTGAAGGCTGCTAATTTGTCGGTTGAATCGTACTGGCCTAGTCTTTTCGCAAAGCTTTGCGAGAAGAGGAATGTGGAGGATCTTATCGTGAACGTCGGCGCTGGTGGTGGCGGTGGCGCCGTCGCAGTCGCTGCTCCAACCGGCGCTGCAGGTGGTGGCGCTGCTGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774134.1
MSVGELACTYAALILHDDGIPITAEKISTLLKAANLSVESYWPSLFAKLCEKRNVEDLIVNVGAGGGGGAVAVAAPTGAAGGGAAAAAPAVEEKKKEEEKEESDDDMGFGLFD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器