Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002256`

染色体: Chr07 坐标: 20746950-20749935 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002256`
名称	SmilChr07G002256
描述	GRF1-interacting factor 3-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	20746950 - 20749935 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993337`
GeneID	`130993337`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993337`
原始查询	`SmilChr07G002256`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GRF1-interacting factor 3-like
产物	GRF1-interacting factor 3-like
Arabidopsis	`AT4G00850` (GIF3) GRF1-interacting factor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827995] identity=59.63; qcov=0.513; evalue=3.98e-30; confidence=medium
Rice	`Os11g0615200` (OsGIF1) - identity=81.82; qcov=0.285; evalue=4.37e-25; confidence=weak
GO	GO:0003713 (transcription coactivator activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0008283 (cell population proliferation); GO:0045944 (positive regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0048366 (leaf development)
KEGG	-
Pfam	PF05030 (SSXT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993337

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774170.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057774170.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:20748176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,B81
`Chr7:20749502`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B103,B77,B78,C86,D4
`Chr7:20749502`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B103,B77,B78,C86,D4
`Chr7:20749567`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774170.1

193 aa

193

SSXT

PF05030 SSXT 19-72 aa

XP_057774171.1

195 aa

195

SSXT

PF05030 SSXT 19-72 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774170.1`	Pfam	`PF05030`	SSXT	Family	19	72	7.9e-24	83.7	SSXT protein (N-terminal region)
`XP_057774171.1`	Pfam	`PF05030`	SSXT	Family	19	72	8.1e-24	83.7	SSXT protein (N-terminal region)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918188.1
ATTTGACTTAGTATCCTCCTTATGTTGACTTATTATGGGAGCAGTCCAAAAATTTGACTAAATAAAAAAGGTTCAACAAAATATATATAGCATCGGCATGTTCATATTTTTCAAACATTTCTAAGCTATTTTTCCTTATGCAATAAATTGCATTTCCGTAATTATTCTTCGCGTACAAAACAAAATATGCTAGATTTGAGTAGTCAAGAATTAAATTTATAGAGTAGAGAATTTGATTTGGACTACCTACCTGAATTCGG...

XM_057918187.1
GACTTATTATGGGAGCAGTCCAAAAATTTGACTAAATAAAAAAGGTTCAACAAAATATATATAGCATCGGCATGTTCATATTTTTCAAACATTTCTAAGCTATTTTTCCTTATGCAATAAATTGCATTTCCGTAATTATTCTTCGCGTACAAAACAAAATATGCTAGATTTGAGTAGTCAAGAATTAAATTTATAGAGTAGAGAATTTGATTTGGACTACCTACCTGAATTCGGAGCTTAGGGTTTATGTTTTGGGGGGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057774171.1_37347
ATGAGCAAAATGCAGCAGCCGATGAACACGCCGCCGTCGATGCCTCTCAATCTCGTCTCCACTGAGCAGATTCAGAAGTATTTGGACGAGAACAAAAACTTGATAATGGCGATACTGGAATGTCAGAAAATGGGAAAAGTGGCTGAATGTGCACAGTATCAGGCCATCCTCCAGAAAAATTTGATGTATTTAGCGGCGATAGCTGATGCCCAGCCTCCAGGATCTTCGACACCTTCACAATTGCAGATGGCAACTAGCTC...

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057774170.1_37348
ATGAGCAAAATGCAGCAGCCGATGAACACGCCGCCGTCGATGCCTCTCAATCTCGTCTCCACTGAGCAGATTCAGAAGTATTTGGACGAGAACAAAAACTTGATAATGGCGATACTGGAATGTCAGAAAATGGGAAAAGTGGCTGAATGTGCACAGTATCAGGCCATCCTCCAGAAAAATTTGATGTATTTAGCGGCGATAGCTGATGCCCAGCCTCCAGGATCTTCGACACCTTCACAAATGGCAACTAGCTCGGTGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057774170.1
MSKMQQPMNTPPSMPLNLVSTEQIQKYLDENKNLIMAILECQKMGKVAECAQYQAILQKNLMYLAAIADAQPPGSSTPSQMATSSVAPQGDSHMQQSQSSSVQQQQQQPKLPFQLNALRPQDQHNQLLQFQQQQQMQGHFNLGGGANNGLHMLMHPGHAHANMMDLRGNHPGALEASSGNSQGNSGLGRDGRE

XP_057774171.1
MSKMQQPMNTPPSMPLNLVSTEQIQKYLDENKNLIMAILECQKMGKVAECAQYQAILQKNLMYLAAIADAQPPGSSTPSQLQMATSSVAPQGDSHMQQSQSSSVQQQQQQPKLPFQLNALRPQDQHNQLLQFQQQQQMQGHFNLGGGANNGLHMLMHPGHAHANMMDLRGNHPGALEASSGNSQGNSGLGRDGRE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器