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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002266

染色体: Chr07 坐标: 20858608-20862015 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002266
名称SmilChr07G002266
描述metal-nicotianamine transporter YSL3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向20858608 - 20862015 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993344
GeneID130993344
locus_tag-
NCBI NameLOC130993344
原始查询SmilChr07G002266

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述metal-nicotianamine transporter YSL3-like
产物metal-nicotianamine transporter YSL3-like
ArabidopsisAT5G53550 (YSL3)
YELLOW STRIPE like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835437]
identity=74.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0542200 (OsYSL9)
-
identity=71.4; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0010039 (response to iron ion); GO:0035673 (oligopeptide transmembrane transporter activity); GO:0048316 (seed development); GO:0051980 (iron-nicotianamine transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03169 (OPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993344

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774182.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057774182.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057774183.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774182.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774182.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:20858779 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B140,B65,C28,C83
Chr7:20858779 AGG A 2bp_deletion CDS_variant 4 B140,B65,C28,C83
Chr7:20858782 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B140,B65,C28,C83
Chr7:20858782 AG A 1bp_deletion CDS_variant 4 B140,B65,C28,C83
Chr7:20858792 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B109,C27,C65
Chr7:20858792 T TG 1bp_insertion CDS_variant 3 B109,C27,C65
Chr7:20858802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B65,C28,C83
Chr7:20858867 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B108,B121,B24
Chr7:20858867 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 B108,B121,B24
Chr7:20858945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:20859278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,C74
Chr7:20859309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774182.1
667 aa
N
1
334
667
OPT
C
PF03169 OPT 44-648 aa
XP_057774183.1
673 aa
N
1
336
673
OPT
C
PF03169 OPT 44-654 aa
XP_057774184.1
658 aa
N
1
329
658
OPT
C
PF03169 OPT 29-639 aa
XP_057774185.1
658 aa
N
1
329
658
OPT
C
PF03169 OPT 29-639 aa
XP_057774186.1
652 aa
N
1
326
652
OPT
C
PF03169 OPT 29-633 aa
XP_057774187.1
652 aa
N
1
326
652
OPT
C
PF03169 OPT 29-633 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774182.1 Pfam PF03169 OPT Family 44 648 5.2e-149 498.5 OPT oligopeptide transporter protein
XP_057774183.1 Pfam PF03169 OPT Family 44 654 2.4e-153 512.8 OPT oligopeptide transporter protein
XP_057774184.1 Pfam PF03169 OPT Family 29 639 2.2e-153 513.0 OPT oligopeptide transporter protein
XP_057774185.1 Pfam PF03169 OPT Family 29 639 2.2e-153 513.0 OPT oligopeptide transporter protein
XP_057774186.1 Pfam PF03169 OPT Family 29 633 4.8e-149 498.6 OPT oligopeptide transporter protein
XP_057774187.1 Pfam PF03169 OPT Family 29 633 4.8e-149 498.6 OPT oligopeptide transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918202.1
TGAAACATAAAGACAAGCGGGGCGTGAACAGAAGTGAAAGCTACCACACCCACACGTGACACGCCATTAAAGAAGAAAAACTTGTCAACTCTTTTCCAAATCCATTCCAATCCCAGTAATTAATTCCTCGTTTCATCGCTCACTTCACATTCTTGATTTAAATCTCGCAAACTCCACGTTCCAACCACACGCTACAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAGAGCAGCCTTTTTATTTTATAGCCAAAAGAATTCCAATCTAGAG...
XM_057918204.1
TGATTTAAATCTCGCAAACTCCACGTTCCAACCACACGCTACAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAGAGCAGCCTTTTTATTTTATAGCCAAAAGAATTCCAATCTAGAGCGAGAAAAGTTAAACAGAGAGAAAAAGTGAGTGATTATTTTAGCGGCAGCGAATAATTGGTTGCTGATTTGAGAGTGGAAGATTAAAGAAATGGGGAGCAGTGAGATGGAAATGGAGAGAGCGGATTTGGAAGAGATGAGAGATGAAGCGGAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130993344
ATGAGTAAAAAGGTGGATAACTTTTCCCCTTTCGTGATAGCAGAAATGGGGAGCAGTGAGATGGAAATGGAGAGAGCGGATTTGGAAGAGATGAGAGATGAAGCGGAGAGGATTCCTCCATGGAGAGATCAGATCACAGTTCGCGGAATAGCGGCGAGTTTATTGATCGGAAGCATCTACAGCATCATAGTGATGAAGCTGAACCTCACAACAGGGCTTGTTCCGAACCTCAATGTATCAGCTGCGCTTCTCGCATTCGT...
LOC130993344
ATGAGTAAAAAGGTGGATAACTTTTCCCCTTTCGTGATAGCAGAAATGGGGAGCAGTGAGATGGAAATGGAGAGAGCGGATTTGGAAGAGATGAGAGATGAAGCGGAGAGGATTCCTCCATGGAGAGATCAGATCACAGTTCGCGGAATAGCGGCGAGTTTATTGATCGGAAGCATCTACAGCATCATAGTGATGAAGCTGAACCTCACAACAGGGCTTGTTCCGAACCTCAATGTATCAGCTGCGCTTCTCGCATTCGT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057774182.1
MSKKVDNFSPFVIAEMGSSEMEMERADLEEMRDEAERIPPWRDQITVRGIAASLLIGSIYSIIVMKLNLTTGLVPNLNVSAALLAFVLISTWTKLLGKAGFAAAPFTRQENTIIQTCAVACYSIAVGGGFGSYLLGLNERTYEQAGVDTEGNPPGSYKDPGLDWMIGFLFVVSFVGLLALVPLRKIMVIDYKLPYPSGTATAVLINGFHTSKGDKMAKKQIQGFTKFFTLSFLWSCFQWFYSGGENCGFINFPTLGLKAW...
XP_057774183.1
MSKKVDNFSPFVIAEMGSSEMEMERADLEEMRDEAERIPPWRDQITVRGIAASLLIGSIYSIIVMKLNLTTGLVPNLNVSAALLAFVLISTWTKLLGKAGFAAAPFTRQENTIIQTCAVACYSIAVGGGFGSYLLGLNERTYEQAGVDTEGNPPGSYKDPGLDWMIGFLFVVSFVGLLALVPLRKIMVIDYKLPYPSGTATAVLINGFHTSKGDKMAKKQIQGFTKFFTLSFLWSCFQWFYSGGENCGFINFPTLGLKAW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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