当前解析结果
SmilChr07G002270| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002270 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002270 |
| 描述 | vacuolar protein sorting-associated protein 26B |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 20925629 - 20930583 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993352 |
|---|---|
| GeneID | 130993352 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993352 |
| 原始查询 | SmilChr07G002270 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | vacuolar protein sorting-associated protein 26B |
| 产物 | vacuolar protein sorting-associated protein 26B |
| Arabidopsis | AT4G27690 (VPS26B)vacuolar protein sorting 26B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828883] identity=84; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0500700- identity=78.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005768 (endosome); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0030904 (retromer complex); GO:0042147 (retrograde transport, endosome to Golgi) |
| KEGG | smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03643 (Vps26) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993352 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057774192.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057774192.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.60000 | XP_057774192.1 |
| 4 | Endosome | 内体 | 0.20000 | XP_057774192.1 |
| 5 | Endosome membrane | 内体膜 | 0.20000 | XP_057774192.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:20927084 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr7:20929214 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774192.1PF03643
Vps26 8-283 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774192.1 |
Pfam | PF03643 |
Vps26 | Family | 8 | 283 | 1.8e-128 | 428.0 | Vacuolar protein sorting-associated protein 26 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。