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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002270

染色体: Chr07 坐标: 20925629-20930583 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002270
名称SmilChr07G002270
描述vacuolar protein sorting-associated protein 26B
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向20925629 - 20930583 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993352
GeneID130993352
locus_tag-
NCBI NameLOC130993352
原始查询SmilChr07G002270

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述vacuolar protein sorting-associated protein 26B
产物vacuolar protein sorting-associated protein 26B
ArabidopsisAT4G27690 (VPS26B)
vacuolar protein sorting 26B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828883]
identity=84; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0500700
-
identity=78.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005768 (endosome); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0030904 (retromer complex); GO:0042147 (retrograde transport, endosome to Golgi)
KEGGsmil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03643 (Vps26)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993352

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774192.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057774192.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057774192.1
4 Endosome 内体 0.20000 XP_057774192.1
5 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057774192.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:20927084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr7:20929214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774192.1
301 aa
N
1
150
301
Vps26
C
PF03643 Vps26 8-283 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774192.1 Pfam PF03643 Vps26 Family 8 283 1.8e-128 428.0 Vacuolar protein sorting-associated protein 26

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918209.1
AAACAGACCAATTTTGGTTTCCTTGGGATTCCACCCCCCTAACCAAACAACCCCTATTCATTAGTCAGTCTGCCTTGCACTGTCATCGCATTGCTAGTCGTCTCAGATCATTATCTCCGATCTTCCATTAACACATCTTATGAAAATCCTAGGTGCTTCAATTGAGGGTTTGAATTGAAACAGAGTCCAATTGTCGCAATGAATTATATAATTGGAGCTTTTAAGCCTGCATGCAGCATTACCGTTTCATTTGCTGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993352
ATGAATTATATAATTGGAGCTTTTAAGCCTGCATGCAGCATTACCGTTTCATTTGCTGATGGGAAATCTCGAAAGCAGGTGGCACTGAAGAAGGAGAATGGTAAAACAGTACTAATCCCCATCTTTCATAGTCAAGAAACCATATCTGGGAAGATCTCCATCGAACCAATTTCAGGGAAGAAGGTGGAACACAATGGTATCAAGGTTGAGCTGCTGGGTCAGATTGAAATGTATTTTGACAGAGGCAACTTTTACGACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774192.1
MNYIIGAFKPACSITVSFADGKSRKQVALKKENGKTVLIPIFHSQETISGKISIEPISGKKVEHNGIKVELLGQIEMYFDRGNFYDFTSLVRELDVPGEIYEKKTFPFEFPTVEMPYETYNGANVRLRYVLKVSISRGYGGSIVEYQDFVVRNYSPAPSINNSIKMEVGIEDCLHIEFEYNKSKYHLKDVIVGKIYFLLVRIKIKNMDLEIRRRESTGSGTNTHVETETLAKFELMDGAPVRGESIPIRLFLSPYELAPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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