Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002275`

染色体: Chr07 坐标: 20978079-20978720 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002275`
名称	SmilChr07G002275
描述	uncharacterized SmilChr07G002275
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	20978079 - 20978720 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993949`
GeneID	`130993949`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993949`
原始查询	`SmilChr07G002275`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G19260` (AT1G19260) TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509] identity=39.3; qcov=0.944; evalue=1.02e-34; confidence=medium
Rice	`-` -
GO	GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774970.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057774970.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774970.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774970.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057774970.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:20978103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C42
`Chr7:20978162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B20,C45,D5
`Chr7:20978162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,C45,D5
`Chr7:20978164`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B102,B15,C52
`Chr7:20978228`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,B82,B93
`Chr7:20978229`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B91,C61,C69
`Chr7:20978232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr7:20978280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B15
`Chr7:20978438`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C67
`Chr7:20978516`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C19,C32,C37,C68
`Chr7:20978543`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A18,B35,B99
`Chr7:20978543`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B35,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774970.1

213 aa

106

213

Dimer_Tnp_hAT

PF05699 Dimer_Tnp_hAT 126-184 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774970.1`	Pfam	`PF05699`	Dimer_Tnp_hAT	Domain	126	184	1.3e-09	38.4	hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918987.1
ATGAATGGTGTGCGTCGATCAAGTAGAGGTCGTGCTCCGAACAATCCCGTCACGTGGGAGAACCATTATCGAGTCGACATCTTCTATGGAACAATAGATTGCATATTACAAGAATTGGGATTTAGATTCAATGAAGATGCAATTGAGTTGTTAAAGTTGAGTTCATCTTTGGATCCACGACGTGGGTATGAATTGTTTAATATTGATGATATTTGCAAGCTAGTTGAGAAGTACTATCCGGCTGATTTTTCAAGTCAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993949
ATGAATGGTGTGCGTCGATCAAGTAGAGGTCGTGCTCCGAACAATCCCGTCACGTGGGAGAACCATTATCGAGTCGACATCTTCTATGGAACAATAGATTGCATATTACAAGAATTGGGATTTAGATTCAATGAAGATGCAATTGAGTTGTTAAAGTTGAGTTCATCTTTGGATCCACGACGTGGGTATGAATTGTTTAATATTGATGATATTTGCAAGCTAGTTGAGAAGTACTATCCGGCTGATTTTTCAAGTCAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774970.1
MNGVRRSSRGRAPNNPVTWENHYRVDIFYGTIDCILQELGFRFNEDAIELLKLSSSLDPRRGYELFNIDDICKLVEKYYPADFSSQDKLHLMYQLELYELDIRKSAHFQHVETLPELCQLLSKTGKSAIYYLVDRLIKLILTLPISTATSERAFSAMKIVKTRLRNKMEDDFLSSSLIMFIEREIAQSFDVDSIIDEFDLMKTRRSQLKIGCK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器