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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002280

染色体: Chr07 坐标: 21080573-21084723 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002280
名称SmilChr07G002280
描述uncharacterized SmilChr07G002280
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21080573 - 21084723 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993950
GeneID130993950
locus_tag-
NCBI NameLOC130993950
原始查询SmilChr07G002280

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821398]; symbol=AT3G18670; hit=AT3G18670; species=arabidopsis; confidence=low
产物Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821398]; symbol=AT3G18670; hit=AT3G18670; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G18670 (AT3G18670)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821398]
identity=26.9; qcov=0.397; evalue=8.06e-11; confidence=low
RiceOs11g0251400
-
identity=34.6; qcov=0.277; evalue=1.36e-07; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF12796 (Ank_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993950

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774972.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774972.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774972.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774972.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774972.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21080941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr7:21080948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B130,B18,D9
Chr7:21081116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:21081152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:21081448 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 D10
Chr7:21081448 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 D10
Chr7:21081453 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr7:21081453 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr7:21084644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B122
Chr7:21084678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr7:21084694 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 15 A15,A16,B136,B41,B53,B61,B77,B78,B8,B82,B90,C29,C48,C83,D10
Chr7:21084706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B25,B26,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774972.1
459 aa
N
1
230
459
Ank_2
Ank_2
C
PF12796 Ank_2 93-152 aa PF12796 Ank_2 126-190 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774972.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 93 152 5.7e-21 75.6 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057774972.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 126 190 5.7e-21 75.6 Ankyrin repeats (3 copies)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918989.1
GTTTCACACGTGATGACATTCCTAAATTAATTTATATATGGTGTAGTATTTTATTTAGTGCAACTGAAAAACGAGAGAAATTAAGAAAGAAGAAGACAGCAAAAGATGAATCCGGAAAACGGAGGAGGGCAGTGTGTAGAGGCGGTGGACGGCAAGCAGTTCGATGATCTGTATAAGGCGACAATGGAGAACCGATGGAGCCAAGTGTTACAAATTCTCAAGGAAAACAACACCCTTCACCACACCAAGCTGACCAAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993950
ATGAATCCGGAAAACGGAGGAGGGCAGTGTGTAGAGGCGGTGGACGGCAAGCAGTTCGATGATCTGTATAAGGCGACAATGGAGAACCGATGGAGCCAAGTGTTACAAATTCTCAAGGAAAACAACACCCTTCACCACACCAAGCTGACCAAGTCACTGGAGACGGCTTTGCACGTCGCAATCTCCACTTACCATCCTAAAACACCCTCCTCCCACCTCACGCACATGATTCAACTCATGAAGAGCAGTGGCACGCTAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774972.1
MNPENGGGQCVEAVDGKQFDDLYKATMENRWSQVLQILKENNTLHHTKLTKSLETALHVAISTYHPKTPSSHLTHMIQLMKSSGTLATVLATENQRGDTPLHLAAAVGCLPIIDSLQEQDLLQPPLHSRNKKGETPLFLAALHGNLAVFRRLHKLKPQDESLARRKDGNTILHKAIFEENFELAYEIICKYSKMVKSINEDGESPLHVLAKKPNVFKSSSHLRFYDSIIYYCVFVEKLNDEKFSNGSPDDSTAAPLETKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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