Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002282

染色体: Chr07 坐标: 21105185-21108566 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002282
名称SmilChr07G002282
描述uncharacterized SmilChr07G002282
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21105185 - 21108566 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993363
GeneID130993363
locus_tag-
NCBI NameLOC130993363
原始查询SmilChr07G002282

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0528900; species=rice; confidence=high
产物hit=Os05g0528900; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G53070 (AT5G53070)
Ribosomal protein L9/RNase H1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835387]
identity=56.2; qcov=1.11; evalue=9.41e-72; confidence=high
RiceOs05g0528900
-
identity=58.6; qcov=1; evalue=1.08e-76; confidence=high
GOGO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation)
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01281 (Ribosomal_L9_N); PF03948 (Ribosomal_L9_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993363

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057774202.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.60000 XP_057774202.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774202.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774202.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774202.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21105799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B47
Chr7:21105879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C39
Chr7:21105919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:21107500 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C2
Chr7:21107500 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C2
Chr7:21108373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774202.1
214 aa
N
1
107
214
Ribosomal_L9_N
Ribosomal_L9_C
C
PF01281 Ribosomal_L9_N 49-85 aa PF03948 Ribosomal_L9_C 122-196 aa
XP_057774203.1
198 aa
N
1
99
198
Ribosomal_L9_N
Ribosomal_L9_C
C
PF01281 Ribosomal_L9_N 33-69 aa PF03948 Ribosomal_L9_C 106-180 aa
XP_057774204.1
198 aa
N
1
99
198
Ribosomal_L9_N
Ribosomal_L9_C
C
PF01281 Ribosomal_L9_N 33-69 aa PF03948 Ribosomal_L9_C 106-180 aa
XP_057774205.1
198 aa
N
1
99
198
Ribosomal_L9_N
Ribosomal_L9_C
C
PF01281 Ribosomal_L9_N 33-69 aa PF03948 Ribosomal_L9_C 106-180 aa
XP_057774206.1
198 aa
N
1
99
198
Ribosomal_L9_N
Ribosomal_L9_C
C
PF01281 Ribosomal_L9_N 33-69 aa PF03948 Ribosomal_L9_C 106-180 aa
XP_057774207.1
198 aa
N
1
99
198
Ribosomal_L9_N
Ribosomal_L9_C
C
PF01281 Ribosomal_L9_N 33-69 aa PF03948 Ribosomal_L9_C 106-180 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774202.1 Pfam PF01281 Ribosomal_L9_N Domain 49 85 4.9e-13 49.1 Ribosomal protein L9, N-terminal domain
XP_057774202.1 Pfam PF03948 Ribosomal_L9_C Domain 122 196 4e-08 34.3 Ribosomal protein L9, C-terminal domain
XP_057774203.1 Pfam PF01281 Ribosomal_L9_N Domain 33 69 4.4e-13 49.3 Ribosomal protein L9, N-terminal domain
XP_057774203.1 Pfam PF03948 Ribosomal_L9_C Domain 106 180 3.1e-08 34.6 Ribosomal protein L9, C-terminal domain
XP_057774204.1 Pfam PF01281 Ribosomal_L9_N Domain 33 69 4.4e-13 49.3 Ribosomal protein L9, N-terminal domain
XP_057774204.1 Pfam PF03948 Ribosomal_L9_C Domain 106 180 3.1e-08 34.6 Ribosomal protein L9, C-terminal domain
XP_057774205.1 Pfam PF01281 Ribosomal_L9_N Domain 33 69 4.4e-13 49.3 Ribosomal protein L9, N-terminal domain
XP_057774205.1 Pfam PF03948 Ribosomal_L9_C Domain 106 180 3.1e-08 34.6 Ribosomal protein L9, C-terminal domain
XP_057774206.1 Pfam PF01281 Ribosomal_L9_N Domain 33 69 4.4e-13 49.3 Ribosomal protein L9, N-terminal domain
XP_057774206.1 Pfam PF03948 Ribosomal_L9_C Domain 106 180 3.1e-08 34.6 Ribosomal protein L9, C-terminal domain
XP_057774207.1 Pfam PF01281 Ribosomal_L9_N Domain 33 69 4.4e-13 49.3 Ribosomal protein L9, N-terminal domain
XP_057774207.1 Pfam PF03948 Ribosomal_L9_C Domain 106 180 3.1e-08 34.6 Ribosomal protein L9, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918224.1
CATTTGCCCTAATTTCTAATCTCAAAACGTAAAAGTGAAATTTTGTGATTCTCTTTCCATACCCTACCAGCCCTTCCCGCCGCTGCACACCCCAGCCCCACCCTCTCTTCTCCATAGCGTCGCCCGGCGACGCTGTCCACCGCCGCCCTCCGTCCGCCGCTGCAAGTCCTCCGTGCGGCTACCCTCTTGCGAGTGACGTCGGCTGCCTACTCCACTTCTCGCCAGACTCCGCCGCTTCGCCACGACTCTGCCGCCCCGCT...
XM_057918223.1
CATTTGCCCTAATTTCTAATCTCAAAACGTAAAAGTGAAATTTTGTGATTCTCTTTCCATACCCTACCAGCCCTTCCCGCCGCTGCACACCCCAGCCCCACCCTCTCTTCTCCATAGCGTCGCCCGGCGACGCTGTCCACCGCCGCCCTCCGTCCGCCGCTGCAAGTCCTCCGTGCGGCTACCCTCTTGCGAGTGACGTCGGCTGCCTACTCCACTTCTCGCCAGACTCCGCCGCTTCGCCACGACTCTGCCGCCCCGCT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130993363
ATGATCCTCGTTCGTCTACAAATACCTCTTCCTTATACGGCGGAGAAGATGGCTTATCTGCAATACGGAAGAAATGCGATGCGGCGGAGCACGATGCACCACCCGCTGCTGTTCGCCGCTCAAGGCGTACGTTATCGGAAGCTGGAAGTTATCCTGACAACTACGATTGATAAGCTCGGAAAAGCTGGTGAAACTGTGAAGGTTGCGCCGGGGTTTTTTCGGAATCATTTGATGCCGAAATTGCTCGCTGTACCGAATAT...
LOC130993363
ATGGCTTATCTGCAATACGGAAGAAATGCGATGCGGCGGAGCACGATGCACCACCCGCTGCTGTTCGCCGCTCAAGGCGTACGTTATCGGAAGCTGGAAGTTATCCTGACAACTACGATTGATAAGCTCGGAAAAGCTGGTGAAACTGTGAAGGTTGCGCCGGGGTTTTTTCGGAATCATTTGATGCCGAAATTGCTCGCTGTACCGAATATCGACAAGTTTGCGCATCTCATTCATGAGCAGCGCAAGATCTACCAGCC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057774202.1
MILVRLQIPLPYTAEKMAYLQYGRNAMRRSTMHHPLLFAAQGVRYRKLEVILTTTIDKLGKAGETVKVAPGFFRNHLMPKLLAVPNIDKFAHLIHEQRKIYQPEEVEVAKVVVKNDETNTKEYEAAANRLAKTRVSIRKFAIEGKGDELREPVTKEEILAEIARQLQVHIEPENLHLPTPLSTLGEHKVPLRLPKSIPKPAGEDWILNIKIRRR
XP_057774203.1
MAYLQYGRNAMRRSTMHHPLLFAAQGVRYRKLEVILTTTIDKLGKAGETVKVAPGFFRNHLMPKLLAVPNIDKFAHLIHEQRKIYQPEEVEVAKVVVKNDETNTKEYEAAANRLAKTRVSIRKFAIEGKGDELREPVTKEEILAEIARQLQVHIEPENLHLPTPLSTLGEHKVPLRLPKSIPKPAGEDWILNIKIRRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器