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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002290

染色体: Chr07 坐标: 21181359-21184596 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002290
名称SmilChr07G002290
描述uncharacterized SmilChr07G002290
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21181359 - 21184596 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993369
GeneID130993369
locus_tag-
NCBI NameLOC130993369
原始查询SmilChr07G002290

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0597300
-
identity=28.7; qcov=0.872; evalue=4.89e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993369

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057774217.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057774217.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774217.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774217.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774217.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21181830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B35,B99,D7
Chr7:21181874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B56,B96,C82
Chr7:21181929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,A7,B94,C8,C80
Chr7:21181963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,C39,C83
Chr7:21181988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B70,C55
Chr7:21182011 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B1,B104,B70,C32,C40,C55,C68
Chr7:21182015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr7:21182016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B70,B93,C55
Chr7:21182022 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B102,B107,B15,B62,C51,C52,C61
Chr7:21182046 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 114 A1,A11,A16,A18,A19,A2,A23,A24,A4,A6,A7,B1,B100,B104,B105,B108,B109,B110,B114,B121,B124,B125,B128,B129,B130,B131,B135,B136,B139,B140,B15,B18,B19,B2,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B32,B35,B37,B40,B42,B43,B44,B45,B54,B59,B61,B62,B64,B65,B66,B71,B74,B75,B76,B83,B87,B88,B9,B90,B91,B93,B94,B97,B99,C10,C12,C14,C16,C18,C19,C22,C28,C29,C3,C31,C32,C37,C39,C43,C47,C48,C50,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C7,C72,C74,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C87,C9,D10,D11,D2,D4,D7
Chr7:21182050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C73
Chr7:21182093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918234.1
TATATATATTTCTACATAATTCATGTTAACATGCTCGAAAATCATGTGTCCGCCCGGACAAGTGTCCCTGAAAATGTGTCCGGCCGTGTGTCATTACATATTATGTAATACACGATCGGACACATTTCCTCGGTAACTTTCCCGGACGGACAGATCTTTTTTGAGCGTACTACATGTTATATGTTGTATTTTTACATTTCATCCCAAATTTAAAGTGAATTAGAGCACATTCTAGCATGTTTTAAAGTATTAATTAGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993369
ATGAACGCCCTAAAGGTTATGAAGAGAGCTGCGTACGATAAACTAATGGGGATTGGGCCTAAAAAGTGGGCTCGTTCGATGTGTCCTATGCCTGTGCGACGGTACAGTTTTATGAAATCAAATGCTGCTGAAGCTTTTAATGCGAGATTGTTGTGGGCAAGAAGACTTCCTATCTGCTCAATGTTAGAGGCAATCAGACTTGTTATTGAGAAATGGTTCAGCGAACGACTAAGAGCTGCACAACAAAGCGAGGAACCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774217.1
MNALKVMKRAAYDKLMGIGPKKWARSMCPMPVRRYSFMKSNAAEAFNARLLWARRLPICSMLEAIRLVIEKWFSERLRAAQQSEEPLSAEAGKMVAIKVQKSCRYTAQRLSGQKYKVQTGNRSFKVDPEKKKCECRAFQLDQLNCCNK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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