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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002293`

染色体: Chr07 坐标: 21207293-21210179 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002293`
名称	SmilChr07G002293
描述	E3 ubiquitin-protein ligase SINAT5-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	21207293 - 21210179 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993371`
GeneID	`130993371`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993371`
原始查询	`SmilChr07G002293`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase SINAT5-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase SINAT5-like
Arabidopsis	`AT3G61790` (AT3G61790) Protein with RING/U-box and TRAF-like domain [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825352] identity=79.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0293400` (SIP14) - identity=92.2; qcov=0.83; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0007275 (multicellular organism development); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03145 (Sina_TRAF); PF21361 (Sina_ZnF); PF21362 (Sina_RING)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993371

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057774219.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057774219.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057774219.1`
4	Autophagic vesicle	Autophagic vesicle	0.40000	`XP_057774219.1`
5	Autophagosome	Autophagosome	0.40000	`XP_057774219.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:21208089`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr7:21208112`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A13,A25,B39
`Chr7:21208112`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A13,A25,B39
`Chr7:21208141`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	29	A16,B10,B112,B13,B133,B136,B139,B15,B17,B5,B51,B6,B66,B84,C10,C17,C21,C22,C26,C42,C55,C63,C67,C73,C83,C9,D10,D2,D7
`Chr7:21208162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B18,B50,B70,C11
`Chr7:21208213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr7:21209171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B113,B117
`Chr7:21209228`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr7:21209242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B56,B96,C82
`Chr7:21209920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B70,C40,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774219.1

324 aa

162

324

Sina_RING

Sina_ZnF

Sina_TRAF

PF21362 Sina_RING 62-97 aa PF21361 Sina_ZnF 111-186 aa PF03145 Sina_TRAF 206-303 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774219.1`	Pfam	`PF21362`	Sina_RING	Domain	62	97	1.2e-13	51.6	E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger
`XP_057774219.1`	Pfam	`PF21361`	Sina_ZnF	Domain	111	186	4.9e-30	104.5	Sina, zinc finger
`XP_057774219.1`	Pfam	`PF03145`	Sina_TRAF	Domain	206	303	3.7e-35	121.0	Sina, TRAF-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918236.1
ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCTCGCGGACTTGCAAATACCAACTCAAAAGAAAAAGAAAAGACAAACACAATCTTTACAAACCGTCTGATTAACATCAGAAGATGAATGATTTCAAATTCAACGGTGATCCTCATTCCTCTCTCCTCACATAAGCCGCGGATAGAGAGAAAGAAGCACCTTTCCAGGATATGATCCTTCCCTTCTCTTCTTTTTGAATCCATTTTTTCCTCATTCTATCCTCCATTTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993371
ATGGCTGCAATGGAAATGGACAACGTGGAGTGTGTTTCTTCAATAGATGGAAATGAAGATGAAGAGATGCAGTTAGCAATTTCTCACAGCAATCAACATGCCCATCCCCATCAGTATTCTTCCAAGCCTCACGGCGTGGTTGCCGTTGGACTGGCTCCTACCAGCGTCCATGAATTGCTCGAGTGCCCCGTTTGTACTAATTCTATGTACCCACCCATCCATCAGTGTCACAATGGGCACACACTCTGTTCCACTTGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774219.1
MAAMEMDNVECVSSIDGNEDEEMQLAISHSNQHAHPHQYSSKPHGVVAVGLAPTSVHELLECPVCTNSMYPPIHQCHNGHTLCSTCKSRVHNRCPTCRQELGDIRCLALEKVAESLELPCKFFSLGCAEIFPYYSKLKHETVCNFRPYNCPYAGSECSVTGDIPYLVAHLRDDHKVDMHTGCTFNHRYVKSNPREVENATWMLTVFNCFGQYFCLHFEAFQLGMAPVYMAFLRFMGDEIEARNYSYSLEVGANGRKLTWE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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