当前解析结果
SmilChr07G002297| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002297 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002297 |
| 描述 | protein BOBBER 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 21265568 - 21273929 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993376 |
|---|---|
| GeneID | 130993376 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993376 |
| 原始查询 | SmilChr07G002297 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein BOBBER 2-like |
| 产物 | protein BOBBER 2-like |
| Arabidopsis | AT4G27890 (AT4G27890)HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828902] identity=47.7; qcov=1.13; evalue=1.91e-86; confidence=high |
| Rice | Os06g0231300 (ROX3)- identity=47.4; qcov=1.18; evalue=4.1e-79; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006457 (protein folding); GO:0051082 (GO:0051082) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04969 (CS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993376 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057774222.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057774222.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057774222.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057774222.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774223.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:21265916 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B128,C39,C61 |
Chr7:21271651 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr7:21272942 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 5 | A19,B26,B28,B65,C12 |
Chr7:21272942 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 5 | A19,B26,B28,B65,C12 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774222.1PF04969
CS 142-216 aa
XP_057774223.1PF04969
CS 142-216 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774222.1 |
Pfam | PF04969 |
CS | Domain | 142 | 216 | 1.7e-21 | 77.7 | CS domain |
XP_057774223.1 |
Pfam | PF04969 |
CS | Domain | 142 | 216 | 1.4e-21 | 77.9 | CS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。