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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002297

染色体: Chr07 坐标: 21265568-21273929 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002297
名称SmilChr07G002297
描述protein BOBBER 2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21265568 - 21273929 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993376
GeneID130993376
locus_tag-
NCBI NameLOC130993376
原始查询SmilChr07G002297

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein BOBBER 2-like
产物protein BOBBER 2-like
ArabidopsisAT4G27890 (AT4G27890)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828902]
identity=47.7; qcov=1.13; evalue=1.91e-86; confidence=high
RiceOs06g0231300 (ROX3)
-
identity=47.4; qcov=1.18; evalue=4.1e-79; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0006457 (protein folding); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG-
PfamPF04969 (CS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993376

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774222.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774222.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057774222.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057774222.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774223.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21265916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C39,C61
Chr7:21271651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:21272942 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 5 A19,B26,B28,B65,C12
Chr7:21272942 C CA 1bp_insertion CDS_variant 5 A19,B26,B28,B65,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774222.1
300 aa
N
1
150
300
CS
C
PF04969 CS 142-216 aa
XP_057774223.1
272 aa
N
1
136
272
CS
C
PF04969 CS 142-216 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774222.1 Pfam PF04969 CS Domain 142 216 1.7e-21 77.7 CS domain
XP_057774223.1 Pfam PF04969 CS Domain 142 216 1.4e-21 77.9 CS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918240.1
AGCAATCGCTCGACATGGTGTACTAGTTTTCTGTTAAGGAGAGCTGAGACGTCCTTTATGCAAAATTTCCCCCAAACATAAGATATTCTCTAGATTGTTCTTTAAATGTAACAGAAATCTTCCAAAACCCCGCCCAAAATTGATGTTTGCTAAAGAATCCTACAGCGCGTAGTTACGATCAATTTGTTTGAACATATGGCGATACTCTCCGATTACGAGGAAGCAGAGAAGAAGCCGGCTCCGTCGGCGAAGAAGCAGTT...
XM_057918239.1
GCAATCGCTCGACATGGTGTACTAGTTTTCTGTTAAGGAGAGCTGAGACGTCCTTTATGCAAAATTTCCCCCAAACATAAGATATTCTCTAGATTGTTCTTTAAATGTAACAGAAATCTTCCAAAACCCCGCCCAAAATTGATGTTTGCTAAAGAATCCTACAGCGCGTAGTTACGATCAATTTGTTTGAACATATGGCGATACTCTCCGATTACGAGGAAGCAGAGAAGAAGCCGGCTCCGTCGGCGAAGAAGCAGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130993376
ATGGCGATACTCTCCGATTACGAGGAAGCAGAGAAGAAGCCGGCTCCGTCGGCGAAGAAGCAGTTTAGCGCTTCTCTCGATCCGTCGAATCCACTAGGGTTTTTGGAGAATGTTTTGGAGTTCATCGCGAGGGAAAGCGATTTGTTCAAGAGCGATTCTCTAGTAAACGATGTTAATGCAGCGGTGAGGATGGTAAAGAATAAAGTTGAGGCTGAGGACAGGAAGAGGAAAGAATTGAAAATCGAAGAGAACGGCAAGGC...
LOC130993376
ATGGCGATACTCTCCGATTACGAGGAAGCAGAGAAGAAGCCGGCTCCGTCGGCGAAGAAGCAGTTTAGCGCTTCTCTCGATCCGTCGAATCCACTAGGGTTTTTGGAGAATGTTTTGGAGTTCATCGCGAGGGAAAGCGATTTGTTCAAGAGCGATTCTCTAGTAAACGATGTTAATGCAGCGGTGAGGATGGTAAAGAATAAAGTTGAGGCTGAGGACAGGAAGAGGAAAGAATTGAAAATCGAAGAGAACGGCAAGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057774222.1
MAILSDYEEAEKKPAPSAKKQFSASLDPSNPLGFLENVLEFIARESDLFKSDSLVNDVNAAVRMVKNKVEAEDRKRKELKIEENGKAEKKFKEEATAVPPPSAEKDDMTNKKPKEERERVNEVQQNNGPQAPNQANGLDMDKYSWGQSLQEVNITVPVPPGTKSRFIACEIKKNHLKVGIKGQTPVIDGDLFQSVKVDDCFWSLEDQKSISILLTKQNQMEWWKYLVKGEPEIDTQKAEPENSKLSDLDPETRSTVEKMM...
XP_057774223.1
MAILSDYEEAEKKPAPSAKKQFSASLDPSNPLGFLENVLEFIARESDLFKSDSLVNDVNAAVRMVKNKVEAEDRKRKELKIEENGKAEKKFKEEATAVPPPSAEKDDMTNKKPKEERERVNEVQQNNGPQAPNQANGLDMDKYSWGQSLQEVNITVPVPPGTKSRFIACEIKKNHLKVGIKGQTPVIDGDLFQSVKVDDCFWSLEDQKSISILLTKQNQMEWWKYLVKGEPEIDTQKAEPENSKLSDLDPETRSTVEKMM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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