当前解析结果
SmilChr07G002303| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002303 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002303 |
| 描述 | RING-H2 finger protein ATL22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 21325260 - 21326419 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993952 |
|---|---|
| GeneID | 130993952 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993952 |
| 原始查询 | SmilChr07G002303 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | RING-H2 finger protein ATL22-like |
| 产物 | RING-H2 finger protein ATL22-like |
| Arabidopsis | AT5G53110 (AT5G53110)RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835391] identity=26.2; qcov=0.939; evalue=3.52e-08; confidence=low |
| Rice | Os01g0113300 (OsRLCK3)- identity=35.6; qcov=0.596; evalue=6.4e-14; confidence=low |
| GO | GO:0030247 (polysaccharide binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13947 (GUB_WAK_bind) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993952 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057774975.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774975.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774975.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774975.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774975.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:21325323 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B104 |
Chr7:21325323 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:21325385 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr7:21325529 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr7:21325660 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,C52 |
Chr7:21325823 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C30,D9 |
Chr7:21325829 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr7:21325899 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:21325942 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr7:21326366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774975.1PF13947
GUB_WAK_bind 28-92 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774975.1 |
Pfam | PF13947 |
GUB_WAK_bind | Domain | 28 | 92 | 5.7e-18 | 65.8 | Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。