当前解析结果
SmilChr07G002311| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002311 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002311 |
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 76 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 21395793 - 21401283 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993390 |
|---|---|
| GeneID | 130993390 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993390 |
| 原始查询 | SmilChr07G002311 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 76 |
| 产物 | probable protein phosphatase 2C 76 |
| Arabidopsis | AT5G53140 (AT5G53140)Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835395] identity=74; qcov=0.997; evalue=1.33e-177; confidence=high |
| Rice | Os05g0587100 (OsPP2C52)- identity=82.2; qcov=0.823; evalue=1.14e-168; confidence=high |
| GO | GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00481 (PP2C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993390 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057774243.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057774245.1 |
| 3 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 1.00000 | XP_057774243.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057774245.1 |
| 5 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057774245.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:21397090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr7:21401082 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C44 |
Chr7:21401082 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774243.1PF00481
PP2C 94-330 aa
XP_057774244.1PF00481
PP2C 94-330 aa
XP_057774245.1PF00481
PP2C 41-278 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774243.1 |
Pfam | PF00481 |
PP2C | Family | 94 | 330 | 8.3e-62 | 209.9 | Protein phosphatase 2C |
XP_057774244.1 |
Pfam | PF00481 |
PP2C | Family | 94 | 330 | 8.3e-62 | 209.9 | Protein phosphatase 2C |
XP_057774245.1 |
Pfam | PF00481 |
PP2C | Family | 41 | 278 | 5.5e-62 | 210.4 | Protein phosphatase 2C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。