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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002315

染色体: Chr07 坐标: 21423910-21425962 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002315
名称SmilChr07G002315
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21423910 - 21425962 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993393
GeneID130993393
locus_tag-
NCBI NameLOC130993393
原始查询SmilChr07G002315

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600-like
ArabidopsisAT2G13600 (SLO2)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815845]
identity=31.2; qcov=0.95; evalue=5.24e-113; confidence=low
RiceOs07g0588100
-
identity=31; qcov=1; evalue=3.79e-107; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993393

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057774249.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774249.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774249.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774249.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774249.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21424025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr7:21424502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:21424815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:21424875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr7:21424893 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr7:21424929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr7:21424954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:21425000 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 25 A1,B133,B22,B30,B32,B33,B67,B71,B77,B90,B92,B95,B97,C1,C14,C19,C24,C26,C34,C5,C52,C73,C81,D2,D6
Chr7:21425204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,B36,B51,C37
Chr7:21425218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr7:21425270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr7:21425278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774249.1
678 aa
N
1
339
678
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 48-65 aa PF01535 PPR 68-97 aa PF01535 PPR 171-199 aa PF01535 PPR 202-230 aa PF01535 PPR 276-300 aa PF01535 PPR 303-329 aa PF01535 PPR 335-363 aa PF01535 PPR 366-394 aa PF13041 PPR_2 366-411 aa PF13812 PPR_3 464-511 aa PF13041 PPR_2 464-513 aa PF01535 PPR 468-497 aa PF13812 PPR_3 488-537 aa PF01535 PPR 503-529 aa PF01535 PPR 541-563 aa PF20431 E_motif 584-644 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 48 65 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 68 97 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 171 199 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 202 230 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 276 300 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 303 329 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 335 363 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 366 394 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 366 411 1e-61 205.5 PPR repeat family
XP_057774249.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 464 511 3.9e-15 56.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774249.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 464 513 1e-61 205.5 PPR repeat family
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 468 497 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 488 537 3.9e-15 56.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 503 529 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 541 563 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057774249.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 584 644 1.9e-16 60.8 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918266.1
ATGCTTAATCGCAACGAAAACAAACTACGCCACCTGTTTAAGTTGAACGCCACCTCGAAGCACCTACGCTGGAAACAGACTCCCATAACTCCCACAGAATCCGGCGGCGTCCCCACAAACAAAGCTCTAACATTCAGCTGGCGAAACGGGGATCTAGACCATGCCCGCCAGATGTTCGACAAAATGCCCCAACGAACAGTCGTCTCGTGGAACACCATGATTACCGGCTACTACAAATGGAATTTCACCACCAGCGCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993393
ATGCTTAATCGCAACGAAAACAAACTACGCCACCTGTTTAAGTTGAACGCCACCTCGAAGCACCTACGCTGGAAACAGACTCCCATAACTCCCACAGAATCCGGCGGCGTCCCCACAAACAAAGCTCTAACATTCAGCTGGCGAAACGGGGATCTAGACCATGCCCGCCAGATGTTCGACAAAATGCCCCAACGAACAGTCGTCTCGTGGAACACCATGATTACCGGCTACTACAAATGGAATTTCACCACCAGCGCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774249.1
MLNRNENKLRHLFKLNATSKHLRWKQTPITPTESGGVPTNKALTFSWRNGDLDHARQMFDKMPQRTVVSWNTMITGYYKWNFTTSALGLISLMHHSNVKFNDTTFSTSLSVCGRAQSLINGKQVQGLLMKSGYQRFKLVGSGLLYLYANSCHIGDGRKLFDELHQENELLWSLMLVGYVECNSMAEAQSIFHQMPRRGVVEWTTLISGYVKGEAGCSKALEVFKMMRENGEATPNEFTLDCVVRGCGRMWDLMSGRLIHG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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