当前解析结果
SmilChr07G002320| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002320 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002320 |
| 描述 | plastid division protein PDV1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 21471122 - 21473611 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993400 |
|---|---|
| GeneID | 130993400 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993400 |
| 原始查询 | SmilChr07G002320 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | plastid division protein PDV1 |
| 产物 | plastid division protein PDV1 |
| Arabidopsis | AT5G53280 (PDV1)plastid division1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835409] identity=50; qcov=0.978; evalue=9.15e-83; confidence=high |
| Rice | Os02g0264300 (P0006C08.2-1)- identity=40.7; qcov=1.07; evalue=7.04e-56; confidence=medium |
| GO | GO:0010020 (chloroplast fission) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28116 (PDV_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993400 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.60000 | XP_057774263.1 |
| 2 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057774263.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057774263.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057774263.1 |
| 5 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057774263.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:21471669 |
TCG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B54 |
Chr7:21471669 |
TCG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B54 |
Chr7:21473063 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr7:21473214 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B8 |
Chr7:21473290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774263.1PF28116
PDV_N 6-130 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774263.1 |
Pfam | PF28116 |
PDV_N | Domain | 6 | 130 | 9.7e-35 | 119.7 | Plastid division protein N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。