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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002320

染色体: Chr07 坐标: 21471122-21473611 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002320
名称SmilChr07G002320
描述plastid division protein PDV1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21471122 - 21473611 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993400
GeneID130993400
locus_tag-
NCBI NameLOC130993400
原始查询SmilChr07G002320

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述plastid division protein PDV1
产物plastid division protein PDV1
ArabidopsisAT5G53280 (PDV1)
plastid division1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835409]
identity=50; qcov=0.978; evalue=9.15e-83; confidence=high
RiceOs02g0264300 (P0006C08.2-1)
-
identity=40.7; qcov=1.07; evalue=7.04e-56; confidence=medium
GOGO:0010020 (chloroplast fission)
KEGG-
PfamPF28116 (PDV_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057774263.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057774263.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057774263.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057774263.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057774263.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21471669 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B54
Chr7:21471669 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B54
Chr7:21473063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr7:21473214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:21473290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774263.1
276 aa
N
1
138
276
PDV_N
C
PF28116 PDV_N 6-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774263.1 Pfam PF28116 PDV_N Domain 6 130 9.7e-35 119.7 Plastid division protein N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918280.1
AGTATGCCAGCCCAAAATGCGTTGATTTGTTCAACAACAAAGCAGAATACATAAATAAAGCTACACATCACAAGTTGGGGTGGGGCCACTATCATCACCTCCACTACCAATTCCTCCAATTACTTTCAGTTGACACTGAAAAACGTGATTTTCGTCAAGCAGATATTAGAATTTAGACAAAAAAATTGTTCTAAGTTCTAACCCTAGAATTTTTTTTGATGCCAAATCTCCGCTTCTCTTTTGCATTTCCCTCTATACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993400
ATGAAATGGGAAATGGAGGTAGACGAGATTGAAGCCGTGCTCGAGAAAATATGGGATTTGCACGACAAGCTCAGCGACGCCATCCACTCCATCTCTCGAGCTCATTTCCTCAATTCTATCAAGAACCCGGCCCGGAGACCCGATGACTTTTCTTTCAACCGTAAGAAGAAATCGGCCGACGACGATCCGGATAACAAAACCGGGTCGGGCTTTGTCTTCGTTAAGGAGTTCCGGGTCGACGACGACGACGTGGCGGTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774263.1
MKWEMEVDEIEAVLEKIWDLHDKLSDAIHSISRAHFLNSIKNPARRPDDFSFNRKKKSADDDPDNKTGSGFVFVKEFRVDDDDVAVLEAKSLYSIRTALENLEDQLEFFHTVQSQQKAERDAAIARLEQSRIILAMRLAGHQGKKYKVIEEAQALVGDVRDASPFVASEHLYGSTPYPSNEKFVPEKGKRSNAVVNFLLSSYAFVSKSLKLEHTVGIVGNAALLAISMLAFLHLNQIGHKMQDPPAFGREGRKFPHSRGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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