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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002327

染色体: Chr07 坐标: 21589202-21591767 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002327
名称SmilChr07G002327
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49142
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21589202 - 21591767 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993406
GeneID130993406
locus_tag-
NCBI NameLOC130993406
原始查询SmilChr07G002327

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49142
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49142
ArabidopsisAT3G49142 (AT3G49142)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723034]
identity=61.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0241800
-
identity=52.2; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057774267.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057774267.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774267.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774267.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774267.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21589400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr7:21589486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:21589868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:21590153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:21590593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr7:21590669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr7:21590708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B95,B99,C29,C54,C57
Chr7:21590990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B42,B43,B76
Chr7:21591097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:21591192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B26,C3,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774267.1
662 aa
N
1
331
662
PPR_2
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF13041 PPR_2 85-131 aa PF01535 PPR 87-117 aa PF01535 PPR 160-182 aa PF12854 PPR_1 186-214 aa PF13041 PPR_2 186-225 aa PF01535 PPR 188-218 aa PF01535 PPR 256-286 aa PF13812 PPR_3 280-336 aa PF01535 PPR 329-354 aa PF13812 PPR_3 347-401 aa PF13041 PPR_2 354-402 aa PF01535 PPR 357-387 aa PF01535 PPR 393-420 aa PF01535 PPR 429-453 aa PF20431 E_motif 472-534 aa PF20430 Eplus_motif 539-562 aa PF14432 DYW_deaminase 570-662 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774267.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 85 131 8.1e-57 189.9 PPR repeat family
XP_057774267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 87 117 2.3e-52 172.3 PPR repeat
XP_057774267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 160 182 2.3e-52 172.3 PPR repeat
XP_057774267.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 186 214 1.9e-29 101.8 PPR repeat
XP_057774267.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 186 225 8.1e-57 189.9 PPR repeat family
XP_057774267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 188 218 2.3e-52 172.3 PPR repeat
XP_057774267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 256 286 2.3e-52 172.3 PPR repeat
XP_057774267.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 280 336 7.2e-19 68.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 329 354 2.3e-52 172.3 PPR repeat
XP_057774267.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 347 401 7.2e-19 68.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774267.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 354 402 8.1e-57 189.9 PPR repeat family
XP_057774267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 357 387 2.3e-52 172.3 PPR repeat
XP_057774267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 393 420 2.3e-52 172.3 PPR repeat
XP_057774267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 429 453 2.3e-52 172.3 PPR repeat
XP_057774267.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 472 534 3.6e-24 85.5 E motif
XP_057774267.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 539 562 1.2e-08 35.2 E+ motif
XP_057774267.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 570 662 9.8e-42 141.4 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918284.1
CAAATTCAATAACCAAACCACTCCCCTTAAATGAAAAAATTATAGCTGTACAAAAAGAAACGAGAAACTCCGGGAAAATTTTCATTAGGAAGTCGGTTTTAGCGAAACAATTTGAATTACATTAATATATAGTTTGTAATTTGTATTTAAGAAGTCAGTTTTAGGAAAGCAGTTATTTGCTGAATGAAAACCGTTAAACACCGTAGCATACTTTCACGCCATGTTTTAAATAGCACTTCAAACGCAGATACTTCCATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993406
ATGAAAACCGTTAAACACCGTAGCATACTTTCACGCCATGTTTTAAATAGCACTTCAAACGCAGATACTTCCATCATCCATTCACTAGACAAGTACCCAGACATCAAAACCCTACAAAAAATCCATGGTCGGATCATTTCCGACCCCAAATTGTGCTCGGACACGTCCCTGGCCATCAAGCTCATGCGAGCTTACGCTGCGTGCTGCAAACCCGATGTCACCCGCATGGTGTTCGACAGAATTCCCGAGAGAAACAGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774267.1
MKTVKHRSILSRHVLNSTSNADTSIIHSLDKYPDIKTLQKIHGRIISDPKLCSDTSLAIKLMRAYAACCKPDVTRMVFDRIPERNSVICNVMIRSYVNNHLYEDAILMYKSILSSGVAPDHYTFPCVLKACSASDNIRFGVQMHSPAVKKGLDLTLFTGNGLVAMYGKCGNLVEARRVFDGMPFRDSVSWNSLVAGYAQNGRFDEALEVCEEMELLGVQHDSGTMASLSPAVTYTSVGNVMFVKKIFSNMVRKELVAWNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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