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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002332

染色体: Chr07 坐标: 21626072-21627482 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002332
名称SmilChr07G002332
描述hevamine-A-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21626072 - 21627482 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993410
GeneID130993410
locus_tag-
NCBI NameLOC130993410
原始查询SmilChr07G002332

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hevamine-A-like
产物hevamine-A-like
ArabidopsisAT5G24090 (CHIA)
chitinase A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832474]
identity=54; qcov=0.943; evalue=4.08e-108; confidence=high
RiceOs01g0660200 (C10728)
-
identity=54.1; qcov=0.959; evalue=2.51e-105; confidence=high
GOGO:0004568 (chitinase activity); GO:0005576 (extracellular region); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGGsmil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00704 (Glyco_hydro_18)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993410

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057774272.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774272.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774272.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774272.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774272.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21626506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B64,B71,B8
Chr7:21626589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr7:21626611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:21626697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:21626728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr7:21626784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:21626846 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr7:21626846 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr7:21627144 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 D3
Chr7:21627144 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774272.1
316 aa
N
1
158
316
Glyco_hydro_18
C
PF00704 Glyco_hydro_18 29-222 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774272.1 Pfam PF00704 Glyco_hydro_18 Domain 29 222 2.4e-18 67.6 Glycosyl hydrolases family 18

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918289.1
TAAATTAGCGGTCAATAATTATCCTCAAAAGAAAAACAAAAAAATGAGCAGTCAATTAGTGACTAGGACAATGACAATCACGTGGGCGTGGGCGTGCTTTAATTTTTCACCGCTAGGGTGGCCTTCATAGGATAGGGCCATCTCAAAATACTCAATTTTAAATCAATAATTGCTCAAATCCAAAAATCAATCTAAAAAACGTGTTTAAAATCTAGGTATACATGCATATGCATTCGGGCAACCACGGAGTTGTATAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993410
ATGGCTTCTAATCCACAAAGAGTCCCTTTCCTTCTCCTCCTCCTTCTCCTTGCCGTGGTCGCCCCATTCTCCGACGCATGCGGCATCACAGTCTACTGGGGCCAAAACGGCTTCGAAGGCACGCTGCAAGCCGCCTGCGCCACCCACGACTACAAATACGTGGCCGTTGCGTTCCTAACCACCTTCGGCAACGGCCAAACCCCCGTCCTCAACTTGGCCGGCCACTGCAACCCTGATTACAACACCTGCACCGTCTTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774272.1
MASNPQRVPFLLLLLLLAVVAPFSDACGITVYWGQNGFEGTLQAACATHDYKYVAVAFLTTFGNGQTPVLNLAGHCNPDYNTCTVFADEIRYCQSLGIKVFLSLGGAIGSYGISSPADAQLVAAYLWTFYLSGSTGPLGNAALDGVDFDIEYPTSTLHWDDLAVAITAYSTPQRKIYLSAAPQCVIPDRNLDTAIQTGLFDYVWVQFYNNPPCDYSGGAASLIAAWNRWSSLLPSGNLLFLGLPAAPGAAGSGYIDPEKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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