当前解析结果
SmilChr07G002335| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002335 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002335 |
| 描述 | S-type anion channel SLAH3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 21652070 - 21654524 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993412 |
|---|---|
| GeneID | 130993412 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993412 |
| 原始查询 | SmilChr07G002335 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | S-type anion channel SLAH3-like |
| 产物 | S-type anion channel SLAH3-like |
| Arabidopsis | AT5G24030 (SLAH3)SLAC1 homologue 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832468] identity=54.1; qcov=1.12; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0385400 (OsSLAC7)- identity=68.5; qcov=0.799; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006873 (intracellular monoatomic ion homeostasis); GO:0008308 (voltage-gated monoatomic anion channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03595 (SLAC1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993412 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057774274.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774274.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774274.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774274.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774274.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:21652299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,C11,C13,C25,C69 |
Chr7:21652492 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:21652662 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:21653049 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B109,B59,C29,C72 |
Chr7:21653074 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,C39 |
Chr7:21653225 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B122,B55 |
Chr7:21653297 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,B122,B55,C1 |
Chr7:21653310 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B64 |
Chr7:21653310 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr7:21653590 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B113,C84 |
Chr7:21653673 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,B25 |
Chr7:21653689 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B121,B22,B65,C67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774274.1PF03595
SLAC1 191-495 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774274.1 |
Pfam | PF03595 |
SLAC1 | Family | 191 | 495 | 1.2e-47 | 163.4 | Voltage-dependent anion channel |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。