Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002339`

染色体: Chr07 坐标: 21730108-21731981 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002339`
名称	SmilChr07G002339
描述	probable membrane-associated kinase regulator 2
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	21730108 - 21731981 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993418`
GeneID	`130993418`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993418`
原始查询	`SmilChr07G002339`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable membrane-associated kinase regulator 2
产物	probable membrane-associated kinase regulator 2
Arabidopsis	`AT1G64080` (MAKR2) membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842712] identity=29.8; qcov=0.657; evalue=5.63e-12; confidence=low
Rice	`Os01g0226200` - identity=28.2; qcov=0.677; evalue=4.64e-08; confidence=low
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF30362 (MAKR5_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993418

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057774278.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057774278.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057774278.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057774278.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774278.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:21730515`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	97	A1,A10,A11,A13,A15,A16,A23,A4,A5,A6,A8,B1,B100,B102,B11,B110,B113,B131,B133,B134,B135,B16,B17,B18,B19,B2,B23,B24,B26,B28,B29,B3,B32,B37,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B54,B55,B61,B62,B64,B66,B68,B7,B73,B74,B75,B80,B86,B87,B9,B90,B92,B95,B97,B99,C10,C17,C18,C21,C22,C27,C29,C30,C32,C37,C38,C39,C43,C46,C49,C53,C54,C57,C62,C63,C64,C66,C68,C74,C76,C78,C79,C8,C80,C82,C85,C87,C9,D1,D2,D4,D9
`Chr7:21730706`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B140,C14
`Chr7:21730720`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B58,C48
`Chr7:21730815`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr7:21730861`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B59,C29,C72
`Chr7:21730945`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C70
`Chr7:21730947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,A9,B101,B140
`Chr7:21730976`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:21730991`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:21731213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,C26
`Chr7:21731247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,C31,C4,D7
`Chr7:21731398`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774278.1

362 aa

181

362

MAKR5_C

PF30362 MAKR5_C 76-342 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774278.1`	Pfam	`PF30362`	MAKR5_C	Domain	76	342	1.5e-56	192.9	Membrane-associated kinase regulator 5 helix

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918295.1
AAGAGATTATCACTACTCCCTTCTTCAAATGCCTGCCATTAATTTCCTGTTCAAGCGTCGCTGATAATGCGGTTTTTCAATTTTAGATTTAGTTTTTGAAATATTAGAGACTTAAAGTGAATAAAAAAGGAAGTTTATTGGTAACAAATTTAGGTTTGACAATCCAAATAAATATTTTAAAAAAGGGCATTATATGTGAGCCCACGAGCTAAAGTTTGTTAGGACCATTCCTGAAATAGTCCTGAATTCAAAGACCTAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993418
ATGATCCTCCCTTTACGCCCGCGCCAAACACCACCTTACTTATTCTCACATTGCCCTGTGTTGTGTAAATACCGCCAACCACGCTTCACTCTCATGTCTTCACCTTCTTCTTCTTCTTCGTCCCCGTCTCTCACTACTCTTTCTGATTCTCCAATGGAAGCCTTTCGCGCGCTCGAATTCCAAACGACGTCGCCTGCAGCAGCGACTGCGGCGCCTTTCGCCGACGATGACGGGGACTCGTTTTTTGATCTGGTTCTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774278.1
MILPLRPRQTPPYLFSHCPVLCKYRQPRFTLMSSPSSSSSSPSLTTLSDSPMEAFRALEFQTTSPAAATAAPFADDDGDSFFDLVLGSPDSVAVTRRGVAAEKDFRFIESPRDVFVRGNGFVNSRPLCKVTLVRSTPKFRVFMLGFRKSAKCERSESNGEAKRSPLNQFPKSSKIEESNRLSVTCRVEKTPGTCRVAGANSLRSQLLKETFDYENSPEKSSRGSLPKYLKLIRPLYLLVWRRQHEKTKSTESSTPSASPV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器