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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002340

染色体: Chr07 坐标: 21737097-21738330 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002340
名称SmilChr07G002340
描述uncharacterized SmilChr07G002340
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21737097 - 21738330 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993419
GeneID130993419
locus_tag-
NCBI NameLOC130993419
原始查询SmilChr07G002340

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819222]; symbol=AT2G46150; hit=AT2G46150; species=arabidopsis; confidence=low
产物Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819222]; symbol=AT2G46150; hit=AT2G46150; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G46150 (AT2G46150)
Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819222]
identity=30.5; qcov=1; evalue=1.21e-27; confidence=low
RiceOs01g0736500
-
identity=29.8; qcov=1.09; evalue=6.54e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03168 (LEA_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993419

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774279.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774279.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774279.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774279.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774279.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21737702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,C48,D11
Chr7:21737734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:21737735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr7:21737918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774279.1
209 aa
N
1
104
209
LEA_2
C
PF03168 LEA_2 102-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774279.1 Pfam PF03168 LEA_2 Domain 102 193 1.2e-08 36.1 Late embryogenesis abundant protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918296.1
AAAAATAACGATTTCTATAAAATAGTACTATACATATATACATTTTCCGTAAGGATTTAGCACACATAATACGACGCGTCGTGGATGTTGAGAGTTGTGTACAACAAATTAATTACACGCATTTAAAATTGATGACCATCCAGAAGCTAACTAATCTTTGCCTCCGAGTTTCGTTTACATAAAATTCAACAATGGTGTTCCTACGTACCTTGTATACTAACTATCAAATTTTCTTTAATTACTAACATTAAATTATACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993419
ATGGCGGGAGAAGGAGAGAAGGCTCAGAACGCGCCGCCGCAGATGAACCCGTACGGGCGGGTGGACGAAGAGGTGGCGGAGGTGGCCCAAAGAGACGAGCGGCGGAGGAAGCGGATCAAGTGCTTCGCCTACCTCGCCGCCTTTGTCGTCTTCCAGACCGCCGTATTCCTCATCTTCGGCCTCACCATAATGAAGGTCCGGACTCCCAAGCTCCGGGTGAGATCCGCCGCCTTCGACGGCACATTCAACGTCGTCAACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774279.1
MAGEGEKAQNAPPQMNPYGRVDEEVAEVAQRDERRRKRIKCFAYLAAFVVFQTAVFLIFGLTIMKVRTPKLRVRSAAFDGTFNVVNTSAAPSFDIRMVAEIGVRNANFGRYKYQNSTVEFYYGATKVGEAFIPRATAKARSTRKFNVTVDLSSAGVAAGELSVIPLTSRSAVRGKVEIMKIMKKNKSANMNCSMQIDVQSRQLHQLSCR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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