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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002346`

染色体: Chr07 坐标: 21799121-21802274 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002346`
名称	SmilChr07G002346
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52850, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	21799121 - 21802274 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993422`
GeneID	`130993422`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993422`
原始查询	`SmilChr07G002346`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52850, chloroplastic
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52850%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G52850` (AT5G52850) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835362] identity=44.8; qcov=0.938; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os03g0861900` - identity=38.6; qcov=0.779; evalue=1.12e-139; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993422

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057774284.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774284.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774284.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774284.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774284.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:21799249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr7:21799352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B64,C19,C31,C5
`Chr7:21799593`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,C40,C55
`Chr7:21799723`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B37,B59,B75,B93
`Chr7:21799853`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr7:21799963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr7:21799971`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	B121,B26,B32,B51,B79,B89,C2,C50,D10
`Chr7:21800100`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B64,C19,C31
`Chr7:21800317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B37,B59,B75,B93
`Chr7:21800492`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,C73,D3
`Chr7:21800635`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B58,B9,C35
`Chr7:21800687`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,C40,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774284.1

786 aa

393

786

PPR_2

PPR_3

PPR

PPR_2

PPR

PPR_2

PPR

PF13041 PPR_2 71-118 aa PF13812 PPR_3 72-118 aa PF01535 PPR 74-103 aa PF01535 PPR 146-167 aa PF13041 PPR_2 173-219 aa PF01535 PPR 175-202 aa PF01535 PPR 247-268 aa PF01535 PPR 277-305 aa PF13041 PPR_2 374-421 aa PF01535 PPR 377-406 aa PF01535 PPR 579-607 aa PF01535 PPR 652-676 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	71	118	5.5e-66	219.2	PPR repeat family
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	72	118	4.3e-29	101.1	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	74	103	1e-54	179.7	PPR repeat
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	146	167	1e-54	179.7	PPR repeat
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	173	219	5.5e-66	219.2	PPR repeat family
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	175	202	1e-54	179.7	PPR repeat
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	247	268	1e-54	179.7	PPR repeat
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	277	305	1e-54	179.7	PPR repeat
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	374	421	5.5e-66	219.2	PPR repeat family
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	377	406	1e-54	179.7	PPR repeat
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	579	607	1e-54	179.7	PPR repeat
`XP_057774284.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	652	676	1e-54	179.7	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918301.1
TGATTATGATTATAGAATGTTAACGCAGGAGCAGAGGACATTGATATAAAAGCGCCCTAAAGTAATTGTTGTTTACTTCCCCTTTACCAGATGATTGTAAATGTTAAGGAGAAACATAATTGAAGAAACTTGTTCGAGAATCATATATTTCGCCAACAAGCAGTCGTTGAAAGATGGACTCTGCATCCACAGCCCCATGCTCAAATTGGGCGTTCGGGATAATCTGCTGCTCACCAACAACCTGCTGTCTTTATACGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993422
ATGTTAAGGAGAAACATAATTGAAGAAACTTGTTCGAGAATCATATATTTCGCCAACAAGCAGTCGTTGAAAGATGGACTCTGCATCCACAGCCCCATGCTCAAATTGGGCGTTCGGGATAATCTGCTGCTCACCAACAACCTGCTGTCTTTATACGTCAAATGCTGCGGTGCCCAGCACGCCCGCCACCTGTTCGACGAAATGCCGCACAGAGATGTTGTTTCCTGGACATCGCTATTATCCGCATATGTAAAAGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774284.1
MLRRNIIEETCSRIIYFANKQSLKDGLCIHSPMLKLGVRDNLLLTNNLLSLYVKCCGAQHARHLFDEMPHRDVVSWTSLLSAYVKDGNHREALAFFDFMKSSGENPNEFTFSNVLTSCRALGDFVYATRVHASLIKHGFGSNTILCTSLIDLYSQRGMLRDAVQVFDGVANVDSISWTAMISSFVQAGSWLQAVRCFIRMIDNVVPPNEYTFVKLLVACSCLGIDHVKLIHSQLILWGAPLNLVLKTALVDAYAKCQQME...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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