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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002348

染色体: Chr07 坐标: 21808970-21810924 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002348
名称SmilChr07G002348
描述uncharacterized SmilChr07G002348
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21808970 - 21810924 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993426
GeneID130993426
locus_tag-
NCBI NameLOC130993426
原始查询SmilChr07G002348

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述PRLI-interacting factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832112]; symbol=AT5G19900; hit=AT5G19900; species=arabidopsis; confidence=high
产物PRLI-interacting factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832112]; symbol=AT5G19900; hit=AT5G19900; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G19900 (AT5G19900)
PRLI-interacting factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832112]
identity=57.2; qcov=0.779; evalue=4.15e-98; confidence=high
RiceOs02g0832600
-
identity=55.2; qcov=0.536; evalue=1.58e-67; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993426

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774290.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057774290.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774290.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774290.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774290.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21809435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:21809631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B72,C58
Chr7:21809749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B82,C2,D2
Chr7:21809870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:21809972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,C14,C65,D11
Chr7:21810071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:21810257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:21810416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B42,B43,B76
Chr7:21810467 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C66
Chr7:21810467 T TGA 2bp_insertion CDS_variant 1 C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918307.1
CTCCATAAAATTCCCAAAATTCATAAACGTGAAGCTGGAGTCTTTTGGAGAGATATTTCTTGGAGATTGACGTGTTTGGAATACGCTTAATCGATTACGTCTCTGCAAAATCCAAAATCTGTTACTGAATTTCAAGCTTCACGAACACAAAAATCTCTGAAAAATCTTCTTTGTGTAGTGATTCCTCTATTTCTAGGGTTTCCGTTTTCCATTTTTTTTTTTTAATCTTTTCTGTGGAGGATTCTGAAATCGGTCGCGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993426
ATGAACGAACAAGGAGCATTGATGAACCAACAGCAGCAGCAACTGATGAACATGAATCAGAGTCTGTTGAATGCGGGTCAAATGAATCCTCAGATGGCTCCGATGAATCGGAGCTACGGAATGTGGGGGCCTCAGCAGCAGTTTCAAAACCCTAATATGAGCTCGGACGCCATGAAACCTCCGCGTGCAGCCTTCAATAAGTCGTTAGGTCCTCGTCGTAATTGGAATGGCAAAAGGGTAAATAAGCCGATCGATAAACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774290.1
MNEQGALMNQQQQQLMNMNQSLLNAGQMNPQMAPMNRSYGMWGPQQQFQNPNMSSDAMKPPRAAFNKSLGPRRNWNGKRVNKPIDKRRIEQQQQSLVGGIGGGNLNFRNYNPPTLNELQHQNRVRARKTFPKKKFNKNMSTNMGGNGGRSAPFAPRNTTSFLIRAKKSGGITSVVSPFPVTPSVLPTPILSPSTEVLGNMAKEEWGVDGYGSMKGLIRLRSLGQEDEEEDEGESSESDVEEHVEVERRLDHDLSRFEMIY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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