Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002363

染色体: Chr07 坐标: 21939340-21941805 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002363
名称SmilChr07G002363
描述uncharacterized SmilChr07G002363
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21939340 - 21941805 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993443
GeneID130993443
locus_tag-
NCBI NameLOC130993443
原始查询SmilChr07G002363

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述PHD finger-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829703]; symbol=AT4G35510; hit=AT4G35510; species=arabidopsis; confidence=medium
产物PHD finger-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829703]; symbol=AT4G35510; hit=AT4G35510; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G35510 (AT4G35510)
PHD finger-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829703]
identity=37.9; qcov=1.07; evalue=6.88e-37; confidence=medium
RiceOs06g0728500
-
identity=31.4; qcov=1.07; evalue=4.73e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993443

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774312.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774312.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774312.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774312.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057774312.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21939642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B101,C32,C68
Chr7:21939645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C12
Chr7:21939819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C18,C34,C70,D10
Chr7:21939876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:21939881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:21939999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr7:21940062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:21940269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C12
Chr7:21940311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,C12,D10
Chr7:21940446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918329.1
ATATGAAGATGTAGATGTTTAGGGCTAGAGAGGGGTAGTTTCGTCTTTTCAAAGACGAGGGTAAATTCGTCCGACAGGCCATCACAAATACGTGGTGAAATCACTCCTGCAAAGCCCCATCCCATTTCTCACAAATAAGCTCGAGAAATTCTTAACAAATCCTTCACACAAACAAGAGAAATATATATATGTATTAAAATTCATCAAATCCGAAATTCTCATCGTCGAAATCATCGCATGGATTTTCTTAGCTCCGTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993443
ATGGAAACTAACACATGCAATGTTAATCACTTGGATGCGGATGCACATCTGCCACCTCGAAAGCGGCTTCTAGCTGGATTGAAGAGACAGAACTCTGATGTTAATTCCCCCACACCATCAACTCCTAGTAGTGCTGGGAGCGAACATGATGTCCATCTCAATAATGCATTGAGGTCCCAGTTGAGTAATCCAAGTCTCTCGAATGAGGAGATTGTTGAAGCCTCTAGAATTGCTGCTATGAAAGCTGCCAAGGTTGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774312.1
METNTCNVNHLDADAHLPPRKRLLAGLKRQNSDVNSPTPSTPSSAGSEHDVHLNNALRSQLSNPSLSNEEIVEASRIAAMKAAKVAEAARANAEEKAAKAAKAVAAAKSALDLVAILSDETGNKEKFLKKNKMKKHVTVEALYNKNKSSTRTDEELARNLHRVINSSPRILKNSPGSDAKSHKHKRLKSSASSGRTSITNGVQVGEGDRQSAARSNGNGVVEVETESPIRKIDMIMVDLNTSKHDNSDQLKLDNGDGSRH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器