Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002364`

染色体: Chr07 坐标: 21942777-21947653 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002364`
名称	SmilChr07G002364
描述	proline--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	21942777 - 21947653 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993444`
GeneID	`130993444`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993444`
原始查询	`SmilChr07G002364`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	proline--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
产物	proline--tRNA ligase%2C chloroplastic/mitochondrial
Arabidopsis	`AT5G52520` (OVA6) Class II aaRS and biotin synthetases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835328] identity=79.3; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0165000` - identity=82.8; qcov=0.682; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004827 (proline-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006433 (prolyl-tRNA aminoacylation); GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0017101 (aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00587 (tRNA-synt_2b); PF03129 (HGTP_anticodon); PF09180 (ProRS-C_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993444

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057774313.1`
2	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057774313.1`
3	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057774313.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774313.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774313.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:21943943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B70,C40,C55
`Chr7:21947081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,C73,D3
`Chr7:21947514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B98,C18,C34,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774313.1

553 aa

276

553

tRNA-synt_2b

HGTP_anticodon

ProRS-C_1

PF00587 tRNA-synt_2b 170-339 aa PF03129 HGTP_anticodon 358-438 aa PF09180 ProRS-C_1 487-553 aa

XP_057774314.1

553 aa

276

553

tRNA-synt_2b

HGTP_anticodon

ProRS-C_1

PF00587 tRNA-synt_2b 170-339 aa PF03129 HGTP_anticodon 358-438 aa PF09180 ProRS-C_1 487-553 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774313.1`	Pfam	`PF00587`	tRNA-synt_2b	Domain	170	339	6.7e-24	85.6	tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
`XP_057774313.1`	Pfam	`PF03129`	HGTP_anticodon	Domain	358	438	7e-17	62.1	Anticodon binding domain
`XP_057774313.1`	Pfam	`PF09180`	ProRS-C_1	Domain	487	553	2e-20	73.4	Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal
`XP_057774314.1`	Pfam	`PF00587`	tRNA-synt_2b	Domain	170	339	6.7e-24	85.6	tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
`XP_057774314.1`	Pfam	`PF03129`	HGTP_anticodon	Domain	358	438	7e-17	62.1	Anticodon binding domain
`XP_057774314.1`	Pfam	`PF09180`	ProRS-C_1	Domain	487	553	2e-20	73.4	Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918331.1
GTGGAGCGATTTATAAACCTCATCTGAAATGCAGCAACCAAATACGAAGTCTCACTCTTCAGTCTGCAACACCACCACCACGGAATGGGGGCTCTCAGACTCCCTTCCCTCACTTCTCTCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCGGTTCCACGCTATCACTTCTGCCGCCAGCTGCGTCTCCCCCTCCGTTCCGTCTCCGCCGCAAAATTTTCCGTACAAAGTAGCACCGTCGAGAAGGAGATCGCCGCAACTCCTCCTGAACT...

XM_057918330.1
GTGGAGCGATTTATAAACCTCATCTGAAATGCAGCAACCAAATACGAAGTCTCACTCTTCAGTCTGCAACACCACCACCACGGAATGGGGGCTCTCAGACTCCCTTCCCTCACTTCTCTCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCGGTTCCACGCTATCACTTCTGCCGCCAGCTGCGTCTCCCCCTCCGTTCCGTCTCCGCCGCAAAATTTTCCGTACAAAGTAGCACCGTCGAGAAGGAGATCGCCGCAACTCCTCCTGAACT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130993444
ATGGGGGCTCTCAGACTCCCTTCCCTCACTTCTCTCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCGGTTCCACGCTATCACTTCTGCCGCCAGCTGCGTCTCCCCCTCCGTTCCGTCTCCGCCGCAAAATTTTCCGTACAAAGTAGCACCGTCGAGAAGGAGATCGCCGCAACTCCTCCTGAACTCGAACCTACCTCGCAGAAGCCCAGACTACAGCCAGAAAAGGATCGAGTTATCACTCCTCGATCGCAGGACTTCAATGCCTGGTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057774313.1
MGALRLPSLTSLSSAAAAAVPRYHFCRQLRLPLRSVSAAKFSVQSSTVEKEIAATPPELEPTSQKPRLQPEKDRVITPRSQDFNAWYLDIIANAELADYGPVRGTMVIRPYGYAIWEAIQDYLNVKFKETGHSNMYFPQFIPYSFIEKEASHVEGFSPELALVTVGGGKELEEKLVVRPTSETIVNHMFTQWIHSYRDLPLMINQWANVTRWEMRTKPFVRTLEFLWQEGHTAHASPEEAEKEALQMIDVYTKFAYEQAA...

XP_057774314.1
MGALRLPSLTSLSSAAAAAVPRYHFCRQLRLPLRSVSAAKFSVQSSTVEKEIAATPPELEPTSQKPRLQPEKDRVITPRSQDFNAWYLDIIANAELADYGPVRGTMVIRPYGYAIWEAIQDYLNVKFKETGHSNMYFPQFIPYSFIEKEASHVEGFSPELALVTVGGGKELEEKLVVRPTSETIVNHMFTQWIHSYRDLPLMINQWANVTRWEMRTKPFVRTLEFLWQEGHTAHASPEEAEKEALQMIDVYTKFAYEQAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器