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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002385

染色体: Chr07 坐标: 22261161-22262455 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002385
名称SmilChr07G002385
描述uncharacterized SmilChr07G002385
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向22261161 - 22262455 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993965
GeneID130993965
locus_tag-
NCBI NameLOC130993965
原始查询SmilChr07G002385

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993965

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774987.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057774987.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057774987.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774987.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774987.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22261420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B59,B78,C51
Chr7:22261454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr7:22261890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B129
Chr7:22262017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B39,B62,B96
Chr7:22262026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B45,C3,C47
Chr7:22262034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C64,C9
Chr7:22262042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B11,B45,C3,C47
Chr7:22262050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B66,C18,C20,C41,D2
Chr7:22262052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,C21,C79
Chr7:22262063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,C76
Chr7:22262084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B62
Chr7:22262085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C48,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919004.1
TACGCGAAGCATGACCATACAGTCGCTTATCAAACGCGTGTGCGATATGGATCGTCGAGTGGATGATGAGGATGAGAGCCTGTACCTTCGTGCTGTCCTCGTGTGTGTGGCTCACACCCTTGTTCTTGGGTTGGATACGCGGGTACAGCCGTGGCTTTGGGTTTTGGTGGATGATCTGGCTACATTTGATAGATTCCCCTGGGGCGCGTATTCGTATAAGATGTTATGCCATTATACGCATGAGATAGGAACCGGCGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993965
ATGACCATACAGTCGCTTATCAAACGCGTGTGCGATATGGATCGTCGAGTGGATGATGAGGATGAGAGCCTGTACCTTCGTGCTGTCCTCGTGTGTGTGGCTCACACCCTTGTTCTTGGGTTGGATACGCGGGTACAGCCGTGGCTTTGGGTTTTGGTGGATGATCTGGCTACATTTGATAGATTCCCCTGGGGCGCGTATTCGTATAAGATGTTATGCCATTATACGCATGAGATAGGAACCGGCGAGAAGTATCACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774987.1
MTIQSLIKRVCDMDRRVDDEDESLYLRAVLVCVAHTLVLGLDTRVQPWLWVLVDDLATFDRFPWGAYSYKMLCHYTHEIGTGEKYHFYGPSWALYVWALERVPDFGHMVAASSGDPTAHPRCLRWTFRGKPRLHGLRDLFEGQGGVLPLEPDGDDLSNHYFISALTPGELSEPVRHHPRRSANSANLHIQSPPFSRSLAPTSLQRRLYQSRLQTMEHNLHLHYQHPPQTEARAYIDHQLDPNNDQLLGDRTGTDLAHPMK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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