Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002406`

染色体: Chr07 坐标: 22411981-22413446 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002406`
名称	SmilChr07G002406
描述	low-temperature-induced 65 kDa protein-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	22411981 - 22413446 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993485`
GeneID	`130993485`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993485`
原始查询	`SmilChr07G002406`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	low-temperature-induced 65 kDa protein-like
产物	low-temperature-induced 65 kDa protein-like
Arabidopsis	`AT4G25580` (AT4G25580) CAP160 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828663] identity=40.21; qcov=0.361; evalue=4.34e-11; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0006950 (response to stress); GO:0009737 (response to abscisic acid)
KEGG	-
Pfam	PF23399 (LTI65_PGEED); PF23403 (LTI65_LTI78_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993485

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057774370.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057774371.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057774370.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:22412136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B112
`Chr7:22412136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr7:22412364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr7:22412542`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,C71,D7
`Chr7:22412897`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	47	B101,B106,B11,B114,B118,B119,B12,B125,B126,B134,B137,B138,B16,B17,B20,B29,B30,B36,B38,B39,B46,B48,B49,B5,B66,B69,B80,B9,B94,C20,C23,C24,C25,C31,C35,C36,C4,C41,C42,C47,C60,C63,C73,C83,C85,D3,D5
`Chr7:22413032`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774370.1

233 aa

116

233

LTI65_LTI78_N

LTI65_PGEED

PF23403 LTI65_LTI78_N 19-65 aa PF23399 LTI65_PGEED 133-158 aa

XP_057774371.1

192 aa

192

LTI65_PGEED

PF23399 LTI65_PGEED 92-117 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774370.1`	Pfam	`PF23403`	LTI65_LTI78_N	Disordered	19	65	9.3e-10	39.4	LTI65/LTI78 CAP160 N-terminal
`XP_057774370.1`	Pfam	`PF23399`	LTI65_PGEED	Disordered	133	158	3.3e-13	49.9	LTI65/LTI78 PGEED repeat
`XP_057774371.1`	Pfam	`PF23399`	LTI65_PGEED	Disordered	92	117	2.5e-13	50.3	LTI65/LTI78 PGEED repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918387.1
GAGGTGCAATTCGAAATACTACGTGTTATAGTGAAGGAGGCGTGGCTTCGTTCAAATTTCCCACGTTTCTTTCTACAAAATGTGGCCTTCCTCTTATCCCTAATTTCCAAATATAATCCCTTTCTCATCGACATAAATCTCTCCGCAAGCCCATTCCCCCGAATCAACAAACAAATTAATTTCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGATGGAAGCACAATTACATGGGCATGAAGAGCATTCAGTGGTGGAGGCACGAGAT...

XM_057918388.1
AAATACTACGTGTTATAGTGAAGGAGGCGTGGCTTCGTTCAAATTTCCCACGTTTCTTTCTACAAAATGTGGCCTTCCTCTTATCCCTAATTTCCAAATATAATCCCTTTCTCATCGACATAAATCTCTCCGCAAGCCCATTCCCCCGAATCAACAAACAAATTAATTTCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGATGGAAGCACAATTACATGGGCATGAAGAGCATTCAGTGCACCAATCCACAAATCTCGTCGAGGAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057774371.1_37557
ATGGAAGCACAATTACATGGGCATGAAGAGCATTCAGTGCACCAATCCACAAATCTCGTCGAGGAGAGCAACACTGTCCCAAATAATTCTCCTGCAAATCTTCCTCACTCCACATCCACCGCCACCGAAAAGAGGAGCGATGATGGACAAAATTCAAGATCCAATCCAGTTTCCGAACAAAACAACCCAAAAGGTGAAGACTCTAGAGACACAATGGCCGGAAAAGTATCATCAGGCAGTGGTGCTGTTGCAGACAAGCC...

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057774370.1_37558
ATGGAAGCACAATTACATGGGCATGAAGAGCATTCAGTGGTGGAGGCACGAGATGAAGGGGAGAAAAAATCAGGCTTGAAGAAGGTGAAGGATAAGGCAAACAAAATCAAGCACACAATCAAGAAACACGCCCACCTTCACCACAACCACAACCACCATGTGCACCAATCCACAAATCTCGTCGAGGAGAGCAACACTGTCCCAAATAATTCTCCTGCAAATCTTCCTCACTCCACATCCACCGCCACCGAAAAGAGGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057774370.1
MEAQLHGHEEHSVVEARDEGEKKSGLKKVKDKANKIKHTIKKHAHLHHNHNHHVHQSTNLVEESNTVPNNSPANLPHSTSTATEKRSDDGQNSRSNPVSEQNNPKGEDSRDTMAGKVSSGSGAVADKPNATKSMKEYLWEKLKPGDDDKALSEAITHAFQKKAKRGKVTVSKEVAERLGTTQENKREGEDALAAGEHSTGQGVAERLQNAFTSWLSKSNGIQTAQDSIANARF

XP_057774371.1
MEAQLHGHEEHSVHQSTNLVEESNTVPNNSPANLPHSTSTATEKRSDDGQNSRSNPVSEQNNPKGEDSRDTMAGKVSSGSGAVADKPNATKSMKEYLWEKLKPGDDDKALSEAITHAFQKKAKRGKVTVSKEVAERLGTTQENKREGEDALAAGEHSTGQGVAERLQNAFTSWLSKSNGIQTAQDSIANARF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器