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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002407

染色体: Chr07 坐标: 22422926-22423922 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002407
名称SmilChr07G002407
描述putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向22422926 - 22423922 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993488
GeneID130993488
locus_tag-
NCBI NameLOC130993488
原始查询SmilChr07G002407

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 2
产物putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 2
ArabidopsisAT5G16450 (AT5G16450)
Ribonuclease E inhibitor RraA/Dimethylmenaquinone methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831506]
identity=78.3; qcov=0.982; evalue=2.22e-95; confidence=high
RiceOs02g0761900
-
identity=80.4; qcov=0.964; evalue=1.01e-96; confidence=high
GOGO:0008428 (ribonuclease inhibitor activity); GO:0051252 (regulation of RNA metabolic process)
KEGG-
PfamPF03737 (RraA-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993488

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774376.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774376.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057774376.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774376.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774376.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22423598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,C30,C65,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774376.1
169 aa
N
1
84
169
RraA-like
C
PF03737 RraA-like 9-162 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774376.1 Pfam PF03737 RraA-like Family 9 162 4.5e-44 151.0 Aldolase/RraA

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918393.1
ATACACATAACACACACAAATCGCAGCGCCTTCGGCCATCGCGTTTATTCCACAATTCACGATATTTTTTTTTAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAACAGAGAAAATAGTTTGACCTGAATTCTTGAAAATTATCCTGAAAGATTGATTATTTTCCGCAGGGATTCATACGAACCATCGCGCATGCAATCGATGGCGTTGGTAACGACAGCAGAACTGTGCGACGCAAACCCACAGTATATTATGAATGGGGAGCTGCGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993488
ATGCAATCGATGGCGTTGGTAACGACAGCAGAACTGTGCGACGCAAACCCACAGTATATTATGAATGGGGAGCTGCGGGCGCTGCTGCCGATTTTCAAGATATACGGGCAGCGTCAGGTGTTCTACGGGCAGGTGGTGACTCTGAAGGTGTTTGAAGACAACGTGTTGGTGCGGGAGCTGCTGGAGGAGAAGGGCGACGACAGGGTTCTTGTTGTCGATGGCGGCGGCAGCCTCAGATGCGCCATTTTGGGGGGCAACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774376.1
MQSMALVTTAELCDANPQYIMNGELRALLPIFKIYGQRQVFYGQVVTLKVFEDNVLVRELLEEKGDDRVLVVDGGGSLRCAILGGNPVVQAQNNGWAGIIVNGCIRDVDEINGCDIGVRALTSHPIKATKKGLGEKHLPVHFAGTRIANGDWLYADTDGILVSNTELSV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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