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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002416

染色体: Chr07 坐标: 22516776-22519451 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002416
名称SmilChr07G002416
描述membrane steroid-binding protein 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向22516776 - 22519451 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993499
GeneID130993499
locus_tag-
NCBI NameLOC130993499
原始查询SmilChr07G002416

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述membrane steroid-binding protein 1
产物membrane steroid-binding protein 1
ArabidopsisAT3G48890 (MAPR3)
membrane-associated progesterone binding protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824050]
identity=68.4; qcov=0.938; evalue=3.81e-94; confidence=high
RiceOs10g0502600 (OsMSBP2)
-
identity=63.4; qcov=1; evalue=2.19e-73; confidence=high
GOGO:0012505 (endomembrane system); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00173 (Cyt-b5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993499

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057774385.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057774385.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057774385.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057774385.1
5 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057774385.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22517090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B7,B89
Chr7:22518945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr7:22519276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774385.1
226 aa
N
1
113
226
Cyt-b5
C
PF00173 Cyt-b5 75-168 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774385.1 Pfam PF00173 Cyt-b5 Domain 75 168 1.5e-11 44.9 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918402.1
ATTGTGATAATAATTCTATAAATATGGTGACAAATATAAGTAGTTGCAAGTCAGACAGTCCAAATAGCCGACTCAATTTCCAACACTCGGCGGCATAGCATTCCAGTTTCTTCTTACCCACCACTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGAGCGCAATGGCCCTTCAGTTGTGGGAGACATTGAAAGAATCGATCACCGCCTACACAGGGCTGTCTCCGGCTACTTTCTTCACGGTTCTCGCTCTAGGCCTCACGCTTTACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993499
ATGGCCCTTCAGTTGTGGGAGACATTGAAAGAATCGATCACCGCCTACACAGGGCTGTCTCCGGCTACTTTCTTCACGGTTCTCGCTCTAGGCCTCACGCTTTACTACGTTGTTTCGAGTTTGTTCGGTTCATCCGATGGCGGCCGCGTTCATGAGAGGCCGAGAGGCTCCGAGGAAGAGATGGAGCCTCTGCCGCCTCCGGTTCAGCTTGGTGAGATCACCGCCGAGGACTTGAAACTCTACGACGGCTCTGATTCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774385.1
MALQLWETLKESITAYTGLSPATFFTVLALGLTLYYVVSSLFGSSDGGRVHERPRGSEEEMEPLPPPVQLGEITAEDLKLYDGSDSKKPLLMAIKGQIYDVSQSRMFYGPGGPYALFAGKDASRALAKMSFEDKDLNGDLTGLGVFEMEALQDWEYKFMSKYVKVGTVKATVPVSDGATEGEASDAAEAAEGHVAKPAEDGPSETTPKEAEESATAAADVDVEKKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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