当前解析结果
SmilChr07G002416| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002416 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002416 |
| 描述 | membrane steroid-binding protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 22516776 - 22519451 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993499 |
|---|---|
| GeneID | 130993499 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993499 |
| 原始查询 | SmilChr07G002416 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | membrane steroid-binding protein 1 |
| 产物 | membrane steroid-binding protein 1 |
| Arabidopsis | AT3G48890 (MAPR3)membrane-associated progesterone binding protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824050] identity=68.4; qcov=0.938; evalue=3.81e-94; confidence=high |
| Rice | Os10g0502600 (OsMSBP2)- identity=63.4; qcov=1; evalue=2.19e-73; confidence=high |
| GO | GO:0012505 (endomembrane system); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993499 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057774385.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.40000 | XP_057774385.1 |
| 3 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.40000 | XP_057774385.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057774385.1 |
| 5 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.20000 | XP_057774385.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:22517090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B7,B89 |
Chr7:22518945 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr7:22519276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,B89 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774385.1PF00173
Cyt-b5 75-168 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774385.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 75 | 168 | 1.5e-11 | 44.9 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。