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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002421

染色体: Chr07 坐标: 22550346-22551014 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002421
名称SmilChr07G002421
描述uncharacterized SmilChr07G002421
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向22550346 - 22551014 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993971
GeneID130993971
locus_tag-
NCBI NameLOC130993971
原始查询SmilChr07G002421

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs04g0191000
-
identity=28.7; qcov=0.815; evalue=7.44e-10; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993971

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774992.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057774992.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774992.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774992.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774992.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22550391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr7:22550444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C19,C41,C74
Chr7:22550477 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A19
Chr7:22550477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr7:22550499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B82,B97,C51,C61
Chr7:22550505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr7:22550519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B11,B59,B68,C43
Chr7:22550527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,C51,C7
Chr7:22550529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr7:22550542 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr7:22550544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C61
Chr7:22550572 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919009.1
ATGAAGAAGTATGGTGTTCACCATCGATTGGCCACTCCTTACCATCCTCAAACAAATGGGCAAGCAGAAGTTTCAAACCGAGAGGTTAAGCAGATTTTGGAGAAAACGGTGAATCCGTCTCGAAAGAATTGGAGCTTGAGGCTAGATGACGCACTATGGGCGTACCGAACTGCCTATAAAACCCCAATTGGTATGTCACCATATCGTTTAATCTTTGGGAAGATGTGCCACTTGCCGGTTGAGTTAGAGCACCGCGCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993971
ATGAAGAAGTATGGTGTTCACCATCGATTGGCCACTCCTTACCATCCTCAAACAAATGGGCAAGCAGAAGTTTCAAACCGAGAGGTTAAGCAGATTTTGGAGAAAACGGTGAATCCGTCTCGAAAGAATTGGAGCTTGAGGCTAGATGACGCACTATGGGCGTACCGAACTGCCTATAAAACCCCAATTGGTATGTCACCATATCGTTTAATCTTTGGGAAGATGTGCCACTTGCCGGTTGAGTTAGAGCACCGCGCCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774992.1
MKKYGVHHRLATPYHPQTNGQAEVSNREVKQILEKTVNPSRKNWSLRLDDALWAYRTAYKTPIGMSPYRLIFGKMCHLPVELEHRAYWAVKEVNENLPKCEEERKFQLQELEELRLEAYDAAMWYKERTKMWHDKHLRRKTLKVGQNVLLFQSKLRLMPVKLKTKWVGPFVIQSVCPNGVFEIRSLDTAKTFTVNGQRLKPYYDASSLVPAESVSLFVPGIF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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