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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002451

染色体: Chr07 坐标: 23046711-23050213 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002451
名称SmilChr07G002451
描述uncharacterized SmilChr07G002451
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向23046711 - 23050213 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993981
GeneID130993981
locus_tag-
NCBI NameLOC130993981
原始查询SmilChr07G002451

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF09331 (DUF1985)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993981

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775003.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057775003.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775003.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775003.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775003.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:23047815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:23048616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr7:23048859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B122,B132
Chr7:23049408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B137,C55
Chr7:23049435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr7:23049522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,D5
Chr7:23050015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775003.1
738 aa
N
1
369
738
DUF1985
C
PF09331 DUF1985 86-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775003.1 Pfam PF09331 DUF1985 Family 86 215 7e-13 49.5 Domain of unknown function (DUF1985)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919020.1
TATAGGCTTTGCAGCAAATTAAGTCACGGGCGGCTAGAATTGAGCGGGCACGGCTTTTGTGGGATTTGTTTGAAAAAATTGAAGCTTTGATAAGAGAGATAAATTGGGTAGGGCCCATTTACACAATATTTTATGTTAAATTAGGGTTAAGAAGTAGAGAAGCAGCCGCGCACTTGAGAGAAGGAAAAAATCAGCCGCTGGAGGAAAAAATCCATTGTTTTGGTTCCTCTTCTTCAAATCAGCCGCACTCCACTTGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993981
ATGGCTTCTTCTTCAAACCAAGTCCCTTATTCGAGGCCCGAGCAAATCAATCGTGTGGCAGTTGAGATCAGTACGTACAACAATATTAGTTACCTATCGACAGTAGTCTCGAGACTAAACGAAATTGGCGGTTTTGCACTGGAGAATACGTTCAGGCATGGGTGCTTTGGGATGATGTTGGATTGGCAGCCGGGCCAGAAGTGCAATGCTGCATTGCACCATATTGTCTCTCGTCATCTTAAGATCACGAGAGACGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775003.1
MASSSNQVPYSRPEQINRVAVEISTYNNISYLSTVVSRLNEIGGFALENTFRHGCFGMMLDWQPGQKCNAALHHIVSRHLKITRDDEDDEICFYINGRNVEFTPRDFALVTGLSFGDDPFDPEAEHDLSRAHTFRQFCRSQPVSVRELADIYFDTVNPVVDTDGGLYLRVAHLLVLHAFVLGVDVRRPVQSWTWKLVDDLPTFSRFPWGSCVYRSLNYRLKHSTIKKDCKKYHFYGPSWALFIWGLEKIPYLGPAIAICN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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