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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002490

染色体: Chr07 坐标: 23573177-23581153 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002490
名称SmilChr07G002490
描述uncharacterized SmilChr07G002490
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向23573177 - 23581153 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993983
GeneID130993983
locus_tag-
NCBI NameLOC130993983
原始查询SmilChr07G002490

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993983

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775005.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057775005.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057775005.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775005.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775005.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:23573180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr7:23573186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B79,D4
Chr7:23573187 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 43 A20,A24,A7,B100,B108,B109,B119,B122,B19,B2,B26,B34,B38,B39,B42,B59,B73,B76,B81,B84,B88,B94,C11,C12,C14,C19,C29,C30,C33,C37,C44,C45,C46,C54,C57,C60,C63,C75,C79,C8,C80,C86,D9
Chr7:23573192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B127,B59,C16,C79
Chr7:23573197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:23573203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C59
Chr7:23573207 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 26 B101,B109,B118,B124,B125,B126,B134,B135,B17,B27,B29,B30,B38,B39,B51,B63,B66,B77,B97,C18,C20,C28,C41,C54,C55,C87
Chr7:23573266 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 7 B119,B44,C15,C21,C71,D10,D7
Chr7:23573327 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B72
Chr7:23573327 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B72
Chr7:23573332 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 7 B27,B44,C15,C21,C71,C83,D7
Chr7:23573357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B33,B49,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919022.1
ATGGCTGAACCTTTGGTGGGGAATGTGAACCAGCCGCCGAAGACTGAGGCGGGTGGGCCGAGCCAGCCGGTTCCTGAGGCTATGAGATGTGGGCTAAATGGAAAGAAGCCTGAAATAGTGGGTTCCTCATCATCAATGGCAGAAGATAACCAAGTGGTGGTGACAGTTGAGAATGAGGAGGAAGATGAGAATGCACCACTGATAGGGATGGGGGAGTGCCGGATTTGCCAGGAGGAGGGCGGTCATGTTGCGGTGGTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993983
ATGGCTGAACCTTTGGTGGGGAATGTGAACCAGCCGCCGAAGACTGAGGCGGGTGGGCCGAGCCAGCCGGTTCCTGAGGCTATGAGATGTGGGCTAAATGGAAAGAAGCCTGAAATAGTGGGTTCCTCATCATCAATGGCAGAAGATAACCAAGTGGTGGTGACAGTTGAGAATGAGGAGGAAGATGAGAATGCACCACTGATAGGGATGGGGGAGTGCCGGATTTGCCAGGAGGAGGGCGGTCATGTTGCGGTGGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775005.1
MAEPLVGNVNQPPKTEAGGPSQPVPEAMRCGLNGKKPEIVGSSSSMAEDNQVVVTVENEEEDENAPLIGMGECRICQEEGGHVAVVVVPYSRPEQINRPTVEISTYNNISYLSTVVSRLNEIGGFALENTFRHGCFGMMLDWQPGQKCNAALHHIVSRLSFGDDPFDPEAEHDLSRAHTFRQFCRSQPVSVRDLADIYFDTVNPVVDTDGGLYLRVAHLLVLHAFVLGVDVRRPVQSWTWKLVDDLPAFSRFPWGSCAYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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