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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002495

染色体: Chr07 坐标: 23646722-23647951 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002495
名称SmilChr07G002495
描述uncharacterized SmilChr07G002495
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向23646722 - 23647951 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993575
GeneID130993575
locus_tag-
NCBI NameLOC130993575
原始查询SmilChr07G002495

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Octicosapeptide/Phox/Bem1p family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822258]; symbol=AT3G26510; hit=AT3G26510; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Octicosapeptide/Phox/Bem1p family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822258]; symbol=AT3G26510; hit=AT3G26510; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G26510 (AT3G26510)
Octicosapeptide/Phox/Bem1p family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822258]
identity=63.7; qcov=0.574; evalue=5.32e-46; confidence=medium
RiceOs11g0444700 (OsPB1)
-
identity=49.4; qcov=0.815; evalue=2.32e-42; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00564 (PB1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993575

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774486.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057774486.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774486.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774486.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774486.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:23646968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr7:23647072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:23647126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C28,D4
Chr7:23647163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr7:23647228 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 11 A15,B101,B134,B136,C15,C21,C27,C30,C83,D10,D9
Chr7:23647248 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 17 A15,B101,B134,B136,B14,B47,C15,C21,C27,C30,C41,C42,C77,C83,D10,D6,D9
Chr7:23647715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr7:23647716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr7:23647730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr7:23647732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774486.1
216 aa
N
1
108
216
PB1
C
PF00564 PB1 32-106 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774486.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 32 106 6.3e-19 68.4 PB1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918503.1
GAAAACTCTATAAATAAGTGTGCGACGGTACCTTCCATAAGCTTGCCCACTTCTCCTTTATTTATTTCTTCTTCATTACATTCTCTCTCTAATCTCTATCATCATCATATCCAAAAAGCAATCAATAGGACCCCTAGAAATCCACCACAACTATGGGTGGATCTTCACTTCCTTCTCACAATCTCACTCCTAAGTCCATCAAGTTTCTCTGTAGCTACGGCGGCCGGATTCTGCCCCGCCACTCCGACGGCAAGCTTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993575
ATGGGTGGATCTTCACTTCCTTCTCACAATCTCACTCCTAAGTCCATCAAGTTTCTCTGTAGCTACGGCGGCCGGATTCTGCCCCGCCACTCCGACGGCAAGCTTCGTTATCACGGCGGGGAAACCCGCGTGCTCTCCGTTGATAGCTCTATTTCCTTTTCCGAGTTGTTGGTGAAGATGGGAGAGATGTGTGGATCATCGGTGAGTTTGAGGTGCCAATTGCCCGCGGATGATCTGGACGCTTTGATATCGATAACCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774486.1
MGGSSLPSHNLTPKSIKFLCSYGGRILPRHSDGKLRYHGGETRVLSVDSSISFSELLVKMGEMCGSSVSLRCQLPADDLDALISITSDEDLANLIEEYDRAAAAPSSSFKIRAFLSAPKTIKKVSPPPSSACSFNSHASTPKSPFGLYSGGGGIPPRCPSSGGRPFKRISSKPPAYPIIGQKVTGKVPHQFVYLYQIGQGNGCRVGRLVHSGNHWQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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