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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002497

染色体: Chr07 坐标: 23706322-23709184 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002497
名称SmilChr07G002497
描述inorganic phosphate transporter 2-1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向23706322 - 23709184 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993578
GeneID130993578
locus_tag-
NCBI NameLOC130993578
原始查询SmilChr07G002497

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inorganic phosphate transporter 2-1, chloroplastic
产物inorganic phosphate transporter 2-1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G26570 (PHT2;1)
phosphate transporter 2;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822265]
identity=70.5; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0593500 (OsPT14)
-
identity=70.2; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0035435 (phosphate ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01384 (PHO4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993578

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057774489.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057774489.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774489.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774489.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774489.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:23706552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:23706657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:23706883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr7:23706972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C77,D11
Chr7:23706992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr7:23707026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:23707080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C35
Chr7:23707114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:23707137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C35
Chr7:23708172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr7:23708304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C35
Chr7:23708430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774489.1
552 aa
N
1
276
552
PHO4
C
PF01384 PHO4 139-537 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774489.1 Pfam PF01384 PHO4 Family 139 537 1.1e-108 364.2 Phosphate transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918506.1
AAGGGGGTATTTTTGAAAGTGAATAAGAAGTTGTGGAGAGTGTAAAGGTAGTGGATATGGGATATAGTGGCTCTGAAACGACACACTCAATCTTGAGCTTTCCACCACTCATTCCCACTGGCCGCCAAATTCCATTCTCACATCGCCGGAGAAAAAACTCCTTCTCTCATTTTGTTAATGAATCCGAATAATCTCAGAATATTCTCCATCTGAGTAGGCATGGCTTCCTCCTACTGTGTGTCTTGGACGAGGAACACGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993578
ATGGCTTCCTCCTACTGTGTGTCTTGGACGAGGAACACGAGCGCGGCAGCTCTCCTGCTCCGCAATTCCCACATCAGATTCAGACCCAGAAGGGATGTTTTCATTCTCAAGCCCCAGCCCCAACCATCACTCTCTCTCTCACTTTCAACACCAAAGCTCTGCCCTTTGGCCTCTCTATCCTCTTACGCAGAGGATCACGGCGATGAAGGAAATGCGAATTCCGAGGGGCAGCTGCCTGGGGTGGCGGAGGCTCTCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774489.1
MASSYCVSWTRNTSAAALLLRNSHIRFRPRRDVFILKPQPQPSLSLSLSTPKLCPLASLSSYAEDHGDEGNANSEGQLPGVAEALNISRSTASAMAVCIAVAALSVPLVMPSLGRGLALKTRALSYATLLFGFYMAWNIGANDVANAMGTSVGSGALSLRRAVIIAAVLEFSGALLMGTHVTTTMQKGILVASVFQGKETLLFAGLISSLAAAGTWLQVASYYGWPVSTTHCIVGSMVGFGLAYGGTGAVFWSSLARVTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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