Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002507`

染色体: Chr07 坐标: 23780577-23781203 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002507`
名称	SmilChr07G002507
描述	uncharacterized SmilChr07G002507
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	23780577 - 23781203 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993989`
GeneID	`130993989`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993989`
原始查询	`SmilChr07G002507`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=36.8; qcov=0.875; evalue=2.69e-38; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993989

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775011.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057775011.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775011.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775011.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057775011.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:23780637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr7:23780671`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr7:23780680`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,B83
`Chr7:23780690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,D10
`Chr7:23780762`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B30,B71,C6,C68
`Chr7:23780780`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B125,B39,B86,C78,C82
`Chr7:23780780`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B125,B39,B86,C78,C82
`Chr7:23780804`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C21
`Chr7:23780905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr7:23780907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B87,C82
`Chr7:23780923`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr7:23780933`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C71,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919028.1
ATGGCTAGAAGAAAGGATTTAACAAGTGAAGAAAGGCAAGCTGTTGCACTCTTCCTTCTTCGCAACAGTGCAGATGGCAAGCTGAACTACGGCACTCAAAAGGCTGCCATGACGAAGTGGGGCTGCTGTAGGAGTTCGATCGCTCGTCTATGGAAGGCTGCAAAGGAAGAACTAGCACAAGGTCAGTTAATATGTGTTCAAAGTAAAAAACTCAACAAGGTTAGAAGGAAAATAGTTCATATCGATTTAGATTTAATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993989
ATGGCTAGAAGAAAGGATTTAACAAGTGAAGAAAGGCAAGCTGTTGCACTCTTCCTTCTTCGCAACAGTGCAGATGGCAAGCTGAACTACGGCACTCAAAAGGCTGCCATGACGAAGTGGGGCTGCTGTAGGAGTTCGATCGCTCGTCTATGGAAGGCTGCAAAGGAAGAACTAGCACAAGGTCAGTTAATATGTGTTCAAAGTAAAAAACTCAACAAGGTTAGAAGGAAAATAGTTCATATCGATTTAGATTTAATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775011.1
MARRKDLTSEERQAVALFLLRNSADGKLNYGTQKAAMTKWGCCRSSIARLWKAAKEELAQGQLICVQSKKLNKVRRKIVHIDLDLISSLELHKRGTIRRLATGINCSKSTVGRWISRGLIRAHSSAIRPDLTAPNKILRLKFSLEQIEYDRICMALKFKPMHNVVHIDEKWFYITKTNHRFYLTPQETEPHRTCKSKKFINHTKLVTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器