Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002508`

染色体: Chr07 坐标: 23785875-23788164 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002508`
名称	SmilChr07G002508
描述	ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	23785875 - 23788164 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993586`
GeneID	`130993586`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993586`
原始查询	`SmilChr07G002508`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2
产物	ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2
Arabidopsis	`AT3G26600` (ARO4) armadillo repeat only 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822269] identity=58.1; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0536200` - identity=38.1; qcov=1; evalue=2.77e-131; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway)
KEGG	-
Pfam	PF00514 (Arm); PF25055 (DUF7792)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993586

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057774505.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774505.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774505.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774505.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774505.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:23786282`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr7:23786286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr7:23786309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C18
`Chr7:23786466`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,C48,D10
`Chr7:23786517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B128,B67,C61
`Chr7:23786700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C15
`Chr7:23786704`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C15
`Chr7:23787020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C15
`Chr7:23787098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,D11
`Chr7:23787128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr7:23787810`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774505.1

635 aa

318

635

DUF7792

Arm

PF25055 DUF7792 35-157 aa PF00514 Arm 210-250 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774505.1`	Pfam	`PF25055`	DUF7792	Domain	35	157	5.2e-48	162.8	Domain of unknown function (DUF7792)
`XP_057774505.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	210	250	1.9e-24	85.6	Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918522.1
GCACAAACATGCGATGCACAAAAAAAAGAAAGAAGGCTTTATTTTAATTCCATTTCCCCAACTTTGTGAGACCAATCGGGAGAGAGAGAGAGACGCAGTGAATGAGTTGGGGAAACCGCACAAAACATCCCTAAAATCTTTTGAGAATTCCTCGATTGAGTGAGAATGGCAGCAAAACCCACATCGGCGGCGGCGACGCTATCAGCCATCTCCCAGAAGCTCCAGCCCCAAAAGCAGACCGCAATCGAGCAGCAAGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993586
ATGGCAGCAAAACCCACATCGGCGGCGGCGACGCTATCAGCCATCTCCCAGAAGCTCCAGCCCCAAAAGCAGACCGCAATCGAGCAGCAAGAGAAGCGAATCGAGGAGGTTCTATCCTACCCGATCCTCTTATCTGACCAAATCAACGGCGCGGTCAAGGAAGCCGAAATCTTCAAATTCGAGTGCTCCGAGGTCGGCAAGCAGGTCGAGCGCCTCTGCCAGATGCTCCGCACCGCCGTCCGCCTCGCCACCTCCACCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774505.1
MAAKPTSAAATLSAISQKLQPQKQTAIEQQEKRIEEVLSYPILLSDQINGAVKEAEIFKFECSEVGKQVERLCQMLRTAVRLATSTAPGATFYVRPVRRIATEVSKNLEKSLTLVKKCRRRNPLRRVVTIVSNAEFRKLHNLLESSVADMKWVLSVYEAGGGGIVLTLPPIASNDPMISWVWSFVSSLYMGQLPDKIEAANELASLAKDNDRNKQIIVEEGGIPPLLKLLKDSSSPEGQAAAASALYNLANDVLRVRAII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器