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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002536

染色体: Chr07 坐标: 24066108-24069960 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002536
名称SmilChr07G002536
描述AMSH-like ubiquitin thioesterase 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向24066108 - 24069960 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993613
GeneID130993613
locus_tag-
NCBI NameLOC130993613
原始查询SmilChr07G002536

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AMSH-like ubiquitin thioesterase 2
产物AMSH-like ubiquitin thioesterase 2
ArabidopsisAT1G10600 (AMSH2)
associated molecule with the SH3 domain of STAM 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837603]
identity=66.4; qcov=0.638; evalue=3.24e-72; confidence=high
RiceOs01g0661500
-
identity=55.1; qcov=0.915; evalue=2.34e-72; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005768 (endosome); GO:0016020 (membrane); GO:0061578 (K63-linked deubiquitinase activity); GO:0070536 (protein K63-linked deubiquitination); GO:0140492 (metal-dependent deubiquitinase activity)
KEGGsmil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01398 (JAB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993613

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774538.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774539.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774539.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057774538.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774538.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:24066506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,B5,C63,D3
Chr7:24067768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B71
Chr7:24067968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:24068585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C15,C21
Chr7:24068796 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B10,C82
Chr7:24068796 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B10,C82
Chr7:24069003 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 43 A14,A22,A8,B106,B110,B111,B127,B18,B23,B27,B3,B34,B42,B43,B44,B47,B58,B70,B71,B78,B85,B88,B9,C13,C17,C24,C26,C3,C34,C35,C38,C40,C52,C55,C56,C59,C63,C71,C83,C87,C9,D2,D7
Chr7:24069016 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 43 A14,A22,A8,B106,B110,B111,B127,B18,B23,B27,B3,B34,B42,B43,B44,B47,B58,B70,B71,B78,B85,B88,B9,C13,C17,C24,C26,C3,C34,C35,C38,C40,C52,C55,C56,C59,C63,C71,C83,C87,C9,D2,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774538.1
255 aa
N
1
128
255
JAB
C
PF01398 JAB 78-185 aa
XP_057774539.1
239 aa
N
1
120
239
JAB
C
PF01398 JAB 62-169 aa
XP_057774540.1
254 aa
N
1
127
254
JAB
C
PF01398 JAB 77-184 aa
XP_057774541.1
209 aa
N
1
104
209
JAB
C
PF01398 JAB 68-139 aa
XP_057774542.1
225 aa
N
1
112
225
JAB
C
PF01398 JAB 84-155 aa
XP_057774543.1
224 aa
N
1
112
224
JAB
C
PF01398 JAB 83-154 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774538.1 Pfam PF01398 JAB Domain 78 185 1.3e-17 64.3 JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
XP_057774539.1 Pfam PF01398 JAB Domain 62 169 1.2e-17 64.6 JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
XP_057774540.1 Pfam PF01398 JAB Domain 77 184 1.3e-17 64.4 JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
XP_057774541.1 Pfam PF01398 JAB Domain 68 139 1e-11 45.3 JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
XP_057774542.1 Pfam PF01398 JAB Domain 84 155 1.2e-11 45.1 JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
XP_057774543.1 Pfam PF01398 JAB Domain 83 154 1.2e-11 45.2 JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918560.1
TTTAAAATTTAAATACAAAAATAAAATACATGAAATTATAGTTGATATATACGTAGATAATCCTGAATAGAAAGAGGAGAGAGAATGAGTCAGTTCCCTTTGTCATCATTTTCCTTCCTCGTCGACTCACAGTCAGAGTCAGACCGCAACATTTATCCAACAATCAAAATCATCTTCAAGTTCTTGTTATTTTATGTAACTGGTGACTTGTGCGTATCAGTTAATTCATCTCCACATTGAGACTGCATATTTATAATCTA...
XM_057918559.1
TTAAAATTTAAATACAAAAATAAAATACATGAAATTATAGTTGATATATACGTAGATAATCCTGAATAGAAAGAGGAGAGAGAATGAGTCAGTTCCCTTTGTCATCATTTTCCTTCCTCGTCGACTCACAGTCAGAGTCAGACCGCAACATTTATCCAACAATCAAAATCATCTTCAAGTTCTTGTTATTTTATGTAACTGGTGACTTGTGCGTATCAGTTAATTCATCTCCACATTGAGACTGCATATTTATAATCTAT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130993613
ATGTTTCAGGCTCCGGTCTCGGTAAAAGTATATAGTATCGGATCCATGGATGGTGGAATTTGTTGCCACATTGATCTGCATCCTGTTACAAAGTCCTTTCCCTCTCCAGGGGTATCCTTTCTGCAGCCTCCTCCTCATGGACCTGATGTGTCACGGATCTCAGTAACCAATGCACCTGATGGACAGTTAGGAAACTGCTCAGGCAACGAGCAATCCACATCTAAACATCTCAAAGATATACACATGAAGGATGGGACCTT...
LOC130993613
ATGTTTCAGGCTCCGGTCTCGGTAAAAGTATATAGTATCGGATCCATGGATGGTGGAATTTGTTGCCACATTGATCTGCATCCTGTTACAAAGTCCTTTCCCTCTCCAGGGGTATCCTTTCTGCAGCCTCCTCCTCATGGACCTGATGTGTCACGGATCTCAGTAACCAATGCACCTGATGGACAGTTAGGAAACTGCTCAGGCAACGAGCAATCCACATCTAAACATCTCAAAGATATACACATGTCAGGACGCTTGAT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057774538.1
MQFQAPVSVKVYSIGSMDGGICCHIDLHPVTKSFPSPGVSFLQPPPHGPDVSRISVTNAPDGQLGNCSGNEQSTSKHLKDIHMSGRLMEDFVNAASENTKKNLETCGVLGAFLKDGTFYVTSLIIPKQEATSNSCQALNEEEIYSIQNEESLYPIGWIHTHPSQSCFMSSIDLHTQYTYQVMVPEAVGIVLAPSDESRQYGIFRLSDPDGMNIIKECQERGFHLHKAPANGTPIYEDCPNIIFNPNLRLEIHDLR
XP_057774539.1
MDGGICCHIDLHPVTKSFPSPGVSFLQPPPHGPDVSRISVTNAPDGQLGNCSGNEQSTSKHLKDIHMSGRLMEDFVNAASENTKKNLETCGVLGAFLKDGTFYVTSLIIPKQEATSNSCQALNEEEIYSIQNEESLYPIGWIHTHPSQSCFMSSIDLHTQYTYQVMVPEAVGIVLAPSDESRQYGIFRLSDPDGMNIIKECQERGFHLHKAPANGTPIYEDCPNIIFNPNLRLEIHDLR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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