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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002541`

染色体: Chr07 坐标: 24109220-24112910 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002541`
名称	SmilChr07G002541
描述	polygalacturonase At1g48100-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	24109220 - 24112910 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993616`
GeneID	`130993616`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993616`
原始查询	`SmilChr07G002541`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polygalacturonase At1g48100-like
产物	polygalacturonase At1g48100-like
Arabidopsis	`AT1G60590` (AT1G60590) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842353] identity=59.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0636500` (OsPGL19) - identity=56.6; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00295 (Glyco_hydro_28); PF12708 (Pect-lyase_RHGA_epim)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993616

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057774550.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057774550.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774550.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774550.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774550.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:24109786`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B53
`Chr7:24109786`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B53
`Chr7:24109839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B99,C46,C82
`Chr7:24110074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr7:24111037`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C21
`Chr7:24111283`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:24112134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr7:24112141`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B122,B45
`Chr7:24112239`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr7:24112241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B73,B76,B88,C49
`Chr7:24112316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774550.1

518 aa

259

518

Pect-lyase_RHGA_epim

Glyco_hydro_28

PF12708 Pect-lyase_RHGA_epim 103-141 aa PF00295 Glyco_hydro_28 134-215 aa PF00295 Glyco_hydro_28 252-470 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774550.1`	Pfam	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	Repeat	103	141	2.1e-11	44.8	Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like
`XP_057774550.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	134	215	1.6e-79	268.1	Glycosyl hydrolases family 28
`XP_057774550.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	252	470	1.6e-79	268.1	Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918567.1
TTCATACTTCTCACACAAGTTTGTTTTAGGTGTAGCTAGGAATCAAAATATTAGTATTAAATTAGATGATAATATATAATCCCAGCTTTATGCAGTTATATGTATTAGTCGATTTTTGTCTCTGCTATGCTGTCTGTGTTAGTCTGTAATTGGGCATCATTCAATTATAGTATTAGATAGCTCAAATCAATGTGTTTGCATGAACAAGTGCTACAAACAAAATATGTTTGCATATGTCAAAATCGGACCATTTATTGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993616
ATGAGTGGCTTTAGCTTCAAAAACTTGCCATTCCTGCTCTTGATTGTGCTTCTTATGTGGTGCTCCCACATGGAAATTTGCAATGCAAGAAGAGTAGCCTCGCATTGGAGGAAAAATCGAGGCGTCGCGTCTTCTCTTTCGAAGAAGAAAGGGAAATCTCATGGCTCTAGTCACCATAACAGCAAGTCAAAACAGAAAGCTCCATCTCCAAAGGCAGCAGCACCACCGCCGTCGCCGCCAGCCGCCGCTCCTATTGAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774550.1
MSGFSFKNLPFLLLIVLLMWCSHMEICNARRVASHWRKNRGVASSLSKKKGKSHGSSHHNSKSKQKAPSPKAAAPPPSPPAAAPIETPPPDQGAENAPDSTVFNVLDFGAKGDGSTDDTKAFEAAWAAACKVEASVVNVPADYVFHVGPISFSGPYCQHNIVFQLDGTIIAPTSSGPWGSGLLQWLQFTKLVGLTIKGSGTIDGNGAVWWQSAPYDDDPLDDQSKYIVPVNATPLQNPPFPVTSSLGKMPGIKPTALRFY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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