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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002551

染色体: Chr07 坐标: 24199107-24202208 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002551
名称SmilChr07G002551
描述uncharacterized SmilChr07G002551
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向24199107 - 24202208 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993623
GeneID130993623
locus_tag-
NCBI NameLOC130993623
原始查询SmilChr07G002551

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843387]; symbol=AT1G70505; hit=AT1G70505; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843387]; symbol=AT1G70505; hit=AT1G70505; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G70505 (AT1G70505)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843387]
identity=44.2; qcov=1.04; evalue=1.34e-92; confidence=medium
RiceOs01g0171800
-
identity=41.4; qcov=1.06; evalue=6.24e-81; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993623

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774557.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057774561.1
3 Endosome 内体 0.40000 XP_057774558.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057774561.1
5 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057774557.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:24199198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B137,B21,B85,C11
Chr7:24199455 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 23 A4,B122,B13,B131,B23,B3,B33,B40,B68,B76,B87,B88,B91,C11,C13,C19,C2,C41,C52,C64,C69,C72,C74
Chr7:24199813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr7:24201622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:24201631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:24201651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918574.1
GATGACCACAATTAATTACATATTCTCTGCTCGATCTTCTTTCTATTTTCTTATCGAGGGAGTCTTTGGTTCAGATAATGGAAAAACAATCGCTGCAGTTATGGCTGATGATACAACAACTCCGAGTTATTGGTTGAACTGGAGATTCTTGGTGTGTGCAGTATGGGTTGTGGTAGCCATGGTGTTAGCTGCATTCCTAATATGGAGACATGAAGGGCGTAGGGAAGATGAGCATGAGGCAGCAGGGTGCTTGTATGGTG...
XM_057918578.1
GATGACCACAATTAATTACATATTCTCTGCTCGATCTTCTTTCTATTTTCTTATCGAGGGAGTCTTTGGTTCAGATAATGGAAAAACAATCGCTGCAGTTATGGCTGATGATACAACAACTCCGAGTTATTGGTTGAACTGGAGATTCTTGGTGTGTGCAGTATGGGTTGTGGTAGCCATGGTGTTAGCTGCATTCCTAATATGGAGACATGAAGGGCGTAGGGAAGATGAGCATGAGGCAGCAGGGTGCTTGTATGGTG...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130993623
ATGACCACAATTAATTACATATTCTCTGCTCGATCTTCTTTCTATTTTCTTATCGAGGGAGTCTTTGGTTCAGATAATGGAAAAACAATCGCTGCAGTTATGGCTGATGATACAACAACTCCGAGTTATTGGTTGAACTGGAGATTCTTGGTGTGTGCAGTATGGGTTGTGGTAGCCATGGTGTTAGCTGCATTCCTAATATGGAGACATGAAGGGCGTAGGGAAGATGAGCATGAGGCAGCAGGGTGCTTGTATGGTGA...
LOC130993623
ATGACCACAATTAATTACATATTCTCTGCTCGATCTTCTTTCTATTTTCTTATCGAGGGAGTCTTTGGTTCAGATAATGGAAAAACAATCGCTGCAGTTATGGCTGATGATACAACAACTCCGAGTTATTGGTTGAACTGGAGATTCTTGGTGTGTGCAGTATGGGTTGTGGTAGCCATGGTGTTAGCTGCATTCCTAATATGGAGACATGAAGGGCGTAGGGAAGATGAGCATGAGGCAGCAGGGTGCTTGTATGGTGA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057774557.1
MTTINYIFSARSSFYFLIEGVFGSDNGKTIAAVMADDTTTPSYWLNWRFLVCAVWVVVAMVLAAFLIWRHEGRREDEHEAAGCLYGDEVWGTCSKSIHPIWLLAYRLLAFSALLALLLANLITSGSVKYYFYTEWTFTLVTFYFGLGSSLSIHGSLRCRHEVEPDRDSYISTSAEHGSYVPPQLGEHEDMPSQTRSSNCRDEPNCRTAASIFGYILQIVFQMSAGAVMLTDSVFWLVLYPSLIARGYRLSFLIVCKHSVN...
XP_057774558.1
MDLSWSSNFDFHFLVYFLGTFLHDVMADDTTTPSYWLNWRFLVCAVWVVVAMVLAAFLIWRHEGRREDEHEAAGCLYGDEVWGTCSKSIHPIWLLAYRLLAFSALLALLLANLITSGSVKYYFYTEWTFTLVTFYFGLGSSLSIHGSLRCRHEVEPDRDSYISTSAEHGSYVPPQLGEHEDMPSQTRSSNCRDEPNCRTAASIFGYILQIVFQMSAGAVMLTDSVFWLVLYPSLIARGYRLSFLIVCKHSVNAIFLLGDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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