当前解析结果
SmilChr07G002578| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002578 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002578 |
| 描述 | equilibrative nucleotide transporter 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 24679564 - 24682214 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993647 |
|---|---|
| GeneID | 130993647 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993647 |
| 原始查询 | SmilChr07G002578 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | equilibrative nucleotide transporter 1 |
| 产物 | equilibrative nucleotide transporter 1 |
| Arabidopsis | AT1G70330 (ENT1)equilibrative nucleotide transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843369] identity=60.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0205200 (OsENT1)- identity=61.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005337 (nucleoside transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:1901642 (nucleoside transmembrane transport) |
| KEGG | smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01733 (Nucleoside_tran) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993647 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057774609.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057774609.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.60000 | XP_057774609.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774609.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774609.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:24680022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C15,C21 |
Chr7:24680205 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr7:24681668 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774609.1PF01733
Nucleoside_tran 144-422 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774609.1 |
Pfam | PF01733 |
Nucleoside_tran | Family | 144 | 422 | 6.3e-72 | 243.3 | Nucleoside transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。