当前解析结果
SmilChr07G002588| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002588 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002588 |
| 描述 | putative potassium transporter 12 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 24767060 - 24772390 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993653 |
|---|---|
| GeneID | 130993653 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993653 |
| 原始查询 | SmilChr07G002588 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative potassium transporter 12 |
| 产物 | putative potassium transporter 12 |
| Arabidopsis | AT1G60160 (AT1G60160)Potassium transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842311] identity=75.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0376900 (OsHAK23)- identity=69.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993653 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057774617.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057774617.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057774617.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774617.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774617.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:24767560 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B67,B7,B99,C61 |
Chr7:24768491 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr7:24768617 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr7:24769565 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,D2 |
Chr7:24769580 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr7:24769595 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr7:24769841 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr7:24769976 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr7:24769977 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr7:24770733 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B36 |
Chr7:24771022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B102,B4,C14 |
Chr7:24771386 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774617.1PF02705
K_trans 94-566 aa
PF22776
K_trans_C 596-833 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774617.1 |
Pfam | PF02705 |
K_trans | Domain | 94 | 566 | 1e-158 | 529.3 | K+ potassium transporter integral membrane domain |
XP_057774617.1 |
Pfam | PF22776 |
K_trans_C | Domain | 596 | 833 | 1.7e-24 | 87.1 | K+ potassium transporter C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。