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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002589

染色体: Chr07 坐标: 24797758-24802547 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002589
名称SmilChr07G002589
描述potassium transporter 6-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向24797758 - 24802547 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993658
GeneID130993658
locus_tag-
NCBI NameLOC130993658
原始查询SmilChr07G002589

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter 6-like
产物potassium transporter 6-like
ArabidopsisAT1G70300 (KUP6)
K+ uptake permease 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843366]
identity=74.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0625900 (HAK10)
-
identity=66.3; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993658

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774624.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057774624.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057774624.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774624.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774624.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:24798440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:24798883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B2,B78,C8
Chr7:24798958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C23
Chr7:24800821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr7:24800850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr7:24801057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr7:24801786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:24801914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:24802171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C23
Chr7:24802225 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B89
Chr7:24802225 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B89
Chr7:24802226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774624.1
792 aa
N
1
396
792
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 22-516 aa PF22776 K_trans_C 547-792 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774624.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 22 516 3e-160 534.4 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057774624.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 547 792 4.5e-26 92.2 K+ potassium transporter C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918641.1
AGAAGATCCATCCATATATTAATATCTATTGTCTGCTTGAAGCACACGTCTACACGTTCCCTGATTTCTCTCTCCCTCTCTCTCACACACACTAATACGTGGAGGACTGCGTGTGTGATGTGCGAGATCACTCCGAGAAATAAACTAAACTCAAACAAACAAAATTGAGGCACACAAAAGACCATCCCAGAAAGAAACGAAGAAAAAACTACCTACTCACACGAGCTATATCTCACTTACCTCAACAAAAAGAATTAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993658
ATGGATCTTGAAAGTGGGTTTTACCAGAATCACGTGAAGAGAGAGTCTTGGAGAACTGTATTGACATTGGCTTATCAGAGTTTAGGTGTAGTGTATGGAGATTTGAGCACATCGCCATTGTATGTGTACAAGAGCACTTTTGCTGAAGATATCGAACATTCTGAGACAAATGAAGAAATTTTTGGAGTATTGTCCTTCATATTTTGGACATTGACTTTAGTCCCTCTTTTGAAGTATGTGTTCATAGTGCTGAGAGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774624.1
MDLESGFYQNHVKRESWRTVLTLAYQSLGVVYGDLSTSPLYVYKSTFAEDIEHSETNEEIFGVLSFIFWTLTLVPLLKYVFIVLRADDNGEGGTFALYSLLCRHAKVNSLPSFQSADEDLSTYKKDITSPAPSTIRAKLKSTLEKYRVLQRVLLLLALLGACMVIGDGILTPAISVFSAVSGVELAMAKEHHKYVEVPVACIVLIALFALQHYGTHRVGFLFAPVVITWLLCISAIGLYNILHWNPHVYQALSPYYMYKF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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