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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002610

染色体: Chr07 坐标: 25091948-25095916 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002610
名称SmilChr07G002610
描述nucleobase-ascorbate transporter 7-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向25091948 - 25095916 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993675
GeneID130993675
locus_tag-
NCBI NameLOC130993675
原始查询SmilChr07G002610

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleobase-ascorbate transporter 7-like
产物nucleobase-ascorbate transporter 7-like
ArabidopsisAT1G60030 (NAT7)
nucleobase-ascorbate transporter 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842297]
identity=77.8; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0741800
-
identity=77.4; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00860 (Xan_ur_permease)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993675

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774653.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774653.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774653.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774653.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774653.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:25093176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr7:25094215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr7:25094617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C44,C8
Chr7:25095144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr7:25095579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C44,C8
Chr7:25095672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C44,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774653.1
534 aa
N
1
267
534
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 41-444 aa
XP_057774654.1
534 aa
N
1
267
534
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 41-444 aa
XP_057774655.1
534 aa
N
1
267
534
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 41-444 aa
XP_057774656.1
534 aa
N
1
267
534
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 41-444 aa
XP_057774657.1
534 aa
N
1
267
534
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 41-444 aa
XP_057774658.1
534 aa
N
1
267
534
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 41-444 aa
XP_057774659.1
534 aa
N
1
267
534
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 41-444 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774653.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 41 444 1.2e-64 219.2 Permease family
XP_057774654.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 41 444 1.2e-64 219.2 Permease family
XP_057774655.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 41 444 1.2e-64 219.2 Permease family
XP_057774656.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 41 444 1.2e-64 219.2 Permease family
XP_057774657.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 41 444 1.2e-64 219.2 Permease family
XP_057774658.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 41 444 1.2e-64 219.2 Permease family
XP_057774659.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 41 444 1.2e-64 219.2 Permease family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918673.1
AATTGAACCATTTTGAAAATTACAGACAAATAATATGAAATGGAAATTTACACTGTCGACCGTAAAAGTGTTCAGCCATTTCTACGGCGACTTTACAATGCGGCAGCAGCGTTGGGCCAATCACATCCTGCCACGCGCCAACATGTAGTACTTTTATGGTGGTACGACACTGGTGTTGCTGAGAACCTAATTCCAGCAGGCCTAGAACCTGAATTTGATGTTCATCGAGTATTTCCACACAAGCTACCGCCTTTAATTAT...
XM_057918676.1
ATATTTAATTTAATGGAATATTAATTTTTAAGCAGTGTGTGTGTGTGACTAAAATAAGGTGGCAAGATGCTCAGCAACTTTATCTTTTGCTTCAGAGAGAAGAACAAACGATTTTCTTTTTGGGTGTTTCAAATTGCATGAGACAGATTCGCCTTGGAAGGCGCTAATTGCTAAGAGAAGGTTGGAGACGGTGCTATTTTTAAGCGTTATTACTGCGAGTGAAAAAGAGTAGGAGATCATGGCAGGAGGAGGAGGAGCAG...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130993675
ATGGCAGGAGGAGGAGGAGCAGCGCCGCCGCCCAAGCAAGATGAGTTAATGCCACATCCAGTCAAAGATCAGCTTCCCGGAGTTTCTTTCTGCATCACTAGCCCACCTCCATGGCCTGAGGCTATATTACTTGGGTTCCAGCACTTTCTTGTGATGCTTGGCACAACTGTGCTCATACCCTCCTTTTTGGCTCCCCAAATGGGGGGAGGAAAAGAAGAGAAAGCTTTGATGATTCAGACACTGCAGTTTGTTGCTGGTTT...
LOC130993675
ATGGCAGGAGGAGGAGGAGCAGCGCCGCCGCCCAAGCAAGATGAGTTAATGCCACATCCAGTCAAAGATCAGCTTCCCGGAGTTTCTTTCTGCATCACTAGCCCACCTCCATGGCCTGAGGCTATATTACTTGGGTTCCAGCACTTTCTTGTGATGCTTGGCACAACTGTGCTCATACCCTCCTTTTTGGCTCCCCAAATGGGGGGAGGAAAAGAAGAGAAAGCTTTGATGATTCAGACACTGCAGTTTGTTGCTGGTTT...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057774653.1
MAGGGGAAPPPKQDELMPHPVKDQLPGVSFCITSPPPWPEAILLGFQHFLVMLGTTVLIPSFLAPQMGGGKEEKALMIQTLQFVAGLNTLAQTLFGTRLPAVIGGSYTFVPATLSIVLAGRYSDVLDPHEKFKKIMRGIQGAMIVASTLQIVIGFSGLWRNVTRLLSPLSTVPLVALTGFGLYELGFPLLTKCVEIGLPQLVLLVIFSQYLPHLMKGGRNVFDRFAVLFSVIIVWIYAHLLTVGGAYKNVPLTTQLSCRT...
XP_057774654.1
MAGGGGAAPPPKQDELMPHPVKDQLPGVSFCITSPPPWPEAILLGFQHFLVMLGTTVLIPSFLAPQMGGGKEEKALMIQTLQFVAGLNTLAQTLFGTRLPAVIGGSYTFVPATLSIVLAGRYSDVLDPHEKFKKIMRGIQGAMIVASTLQIVIGFSGLWRNVTRLLSPLSTVPLVALTGFGLYELGFPLLTKCVEIGLPQLVLLVIFSQYLPHLMKGGRNVFDRFAVLFSVIIVWIYAHLLTVGGAYKNVPLTTQLSCRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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