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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002615

染色体: Chr07 坐标: 25246378-25254004 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002615
名称SmilChr07G002615
描述uncharacterized SmilChr07G002615
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向25246378 - 25254004 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993685
GeneID130993685
locus_tag-
NCBI NameLOC130993685
原始查询SmilChr07G002615

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNase H family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839020]; symbol=AT1G24090; hit=AT1G24090; species=arabidopsis; confidence=high
产物RNase H family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839020]; symbol=AT1G24090; hit=AT1G24090; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G24090 (AT1G24090)
RNase H family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839020]
identity=46; qcov=0.934; evalue=1.68e-96; confidence=high
RiceOs08g0177800
-
identity=50.9; qcov=0.747; evalue=2.98e-85; confidence=high
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG-
PfamPF00075 (RNase_H); PF13456 (RVT_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993685

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057774671.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057774682.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774671.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774671.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774671.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:25247499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr7:25247818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:25248674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr7:25251277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr7:25251288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B93,C50
Chr7:25251304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774671.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774672.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774673.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774674.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774676.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774677.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774678.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774679.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774680.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774681.1
379 aa
N
1
190
379
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774682.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774683.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774684.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774685.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774686.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774687.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774688.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774689.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774690.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774692.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774693.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
XP_057774694.1
363 aa
N
1
182
363
RNase_H
RVT_3
C
PF00075 RNase_H 226-310 aa PF13456 RVT_3 228-349 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774671.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774671.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774672.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774672.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774673.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774673.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774674.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774674.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774676.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774676.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774677.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774677.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774678.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774678.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774679.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774679.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774680.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774680.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774681.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 5e-07 30.7 RNase H
XP_057774681.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.6e-24 86.9 Reverse transcriptase-like
XP_057774682.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774682.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774683.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774683.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774684.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774684.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774685.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774685.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774686.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774686.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774687.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774687.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774688.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774688.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774689.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774689.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774690.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774690.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774692.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774692.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774693.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774693.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like
XP_057774694.1 Pfam PF00075 RNase_H Domain 226 310 4.5e-07 30.8 RNase H
XP_057774694.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 228 349 1.4e-24 87.0 Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

22 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918711.1
CATCATACTAAAATAAGAGATCGCTAGAAATTTTCAGTGCTTCTTTAAATAAAAATGAAAATGGATGACTGCGAAATTATTACTACTTGATTTGGATACTAACAAGAAAATAATAAAAATGGAAGTTTAAGAAAAAAACAAAGTTTTTCAAAATAGGTTTCATTTAAATCACACCTAAAACCCAACTCCCACCCACCCCCACCCACCCCACTCCCTAATCTCACCTCCTTCCTTCCACAAACTCCCCTCAACCCCCCGTA...
XM_057918704.1
TTTAAATAAAAATGAAAATGGATGACTGCGAAATTATTACTACTTGATTTGGATACTAACAAGAAAATAATAAAAATGGAAGTTTAAGAAAAAAACAAAGTTTTTCAAAATAGGTTTCATTTAAATCACACCTAAAACCCAACTCCCACCCACCCCCACCCACCCCACTCCCTAATCTCACCTCCTTCCTTCCACAAACTCCCCTCAACCCCCCGTACAACCTCCACCCCTATCCCCTACCCCACCCCACCCCACCCCCT...

CDS

22 records

下载 CDS FASTA
LOC130993685
ATGATCGGTTTGTTTCGTGCTTGTGGTTCATCAATACTATCAGGAACTAGGCTTGTCACTACTACAAGCCCGTCTTGCAAAAATCTTTTTCCTTTATGGGGAGCAAGCTTCCAGCATTCTAGTGTTAGGACAGTGAAGTTCGAGTTATTGTTGACAAGGCTTCAGTTTCAGAGCTATTCATCAAAAAAGTCGGGTGAAGGTAGCTCCATTAAGGGGAAACTCAAGTCTAAACCACTAATGAAGGACGATAAGGAAGCCTT...
LOC130993685
ATGATCGGTTTGTTTCGTGCTTGTGGTTCATCAATACTATCAGGAACTAGGCTTGTCACTACTACAAGCCCGTCTTGCAAAAATCTTTTTCCTTTATGGGGAGCAAGCTTCCAGCATTCTAGTGTTAGGACAGTGAAGTTCGAGTTATTGTTGACAAGGCTTCAGTTTCAGAGCTATTCATCAAAAAAGTCGGGTGAAGGTAGCTCCATTAAGGGGAAACTCAAGTCTAAACCACTAATGAAGGACGATAAGGAAGCCTT...

Protein

22 records

下载 Protein FASTA
XP_057774671.1
MIGLFRACGSSILSGTRLVTTTSPSCKNLFPLWGASFQHSSVRTVKFELLLTRLQFQSYSSKKSGEGSSIKGKLKSKPLMKDDKEAFFVVRKGDLVGVYKSLSDCQAQVGTSICDPPVSAYKGYNMPKDTEKHLMSCGLKNALYSIRASDLTEELFGTLISLPSSSRGETSTELVTTKKRPQEPMWSEYGEAVGPVLTANDALTKHFKLDPYRVDQNQSVCRSCTIEFDGASKGNPGQAGAGAILRSDDGNLICRLREGL...
XP_057774672.1
MIGLFRACGSSILSGTRLVTTTSPSCKNLFPLWGASFQHSSVRTVKFELLLTRLQFQSYSSKKSGEGSSIKGKLKSKPLMKDDKEAFFVVRKGDLVGVYKSLSDCQAQVGTSICDPPVSAYKGYNMPKDTEKHLMSCGLKNALYSIRASDLTEELFGTLISLPSSSRGETSTELVTTKKRPQEPMWSEYGEAVGPVLTANDALTKHFKLDPYRVDQNQSVCRSCTIEFDGASKGNPGQAGAGAILRSDDGNLICRLREGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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