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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002618

染色体: Chr07 坐标: 25271358-25272819 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002618
名称SmilChr07G002618
描述uncharacterized SmilChr07G002618
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向25271358 - 25272819 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993687
GeneID130993687
locus_tag-
NCBI NameLOC130993687
原始查询SmilChr07G002618

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Putative thiol-disulfide oxidoreductase DCC [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723023]; symbol=AT1G24095; hit=AT1G24095; species=arabidopsis; confidence=high
产物Putative thiol-disulfide oxidoreductase DCC [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723023]; symbol=AT1G24095; hit=AT1G24095; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G24095 (AT1G24095)
Putative thiol-disulfide oxidoreductase DCC [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723023]
identity=66.7; qcov=0.746; evalue=1.21e-75; confidence=high
RiceOs01g0173000
-
identity=33; qcov=0.427; evalue=7.44e-11; confidence=low
GOGO:0015035 (protein-disulfide reductase activity)
KEGG-
PfamPF04134 (DCC1-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993687

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057774695.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057774695.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774695.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774695.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774695.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:25271680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C50
Chr7:25272410 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B37,B58
Chr7:25272410 A AC 1bp_insertion CDS_variant 2 B37,B58
Chr7:25272412 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B37
Chr7:25272501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:25272521 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 11 B108,B113,B140,B36,B72,B91,C14,C65,C67,D10,D6
Chr7:25272523 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 11 B108,B113,B140,B36,B72,B91,C14,C65,C67,D10,D6
Chr7:25272560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C23
Chr7:25272561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr7:25272577 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A9,D4
Chr7:25272577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774695.1
213 aa
N
1
106
213
DCC1-like
C
PF04134 DCC1-like 71-182 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774695.1 Pfam PF04134 DCC1-like Family 71 182 2.1e-27 97.3 DCC1-like thiol-disulfide oxidoreductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918712.1
TTATTCGGGGTTGTAGTATTTCGTGTGAGAAGAGAGTGAAAATTCTTTTCCTGAGAGTGAAATTTGGGGCACTCCCCAAAGCAAGCAAGTATAAAACTGAACCGACTTGGAGCGTAAGAAAGCATAACAGGGACAAAAATCTGGACGATTCAGAAAATTTTCTCTCAACATCCAAAATTGATCATCGCAAAAAGAAGACATCCAAAAATTGATTACGTCCAGAGATGACGGCGGCGTTCAGGCGACCGGCAGTCACCGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993687
ATGACGGCGGCGTTCAGGCGACCGGCAGTCACCGTAGCGGCGGCGTTCATGACCAGCCGAACTTGCTCCACTGCATTTTTGGAGCCCTTGAGCTGTCGCCGCTATTCGATGCGTAAATGCGCGCTTGCGGCGGATGTGCTGCTTCCCGATGCGGCTGACGCCGCGCCGCCCAAGCTTGAGATGGTACCGTTGGTCATTCAGCGGCGTGTAGTCCTATACGACGGCGTTTGCCACCTTTGCCACACCGGAGTGAAATGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774695.1
MTAAFRRPAVTVAAAFMTSRTCSTAFLEPLSCRRYSMRKCALAADVLLPDAADAAPPKLEMVPLVIQRRVVLYDGVCHLCHTGVKWIIKADKDKKIRFCCVQSKAAEPYMKVCGVDREDVLRRFLFVEAPDSYHQGSAAALRVCSYLPRPFSALSALMVVPTPLRDAVYDYVAKRRYDWFGKKDDCLVLKEVELLERFVDWEELLERSKSQQL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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