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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002626

染色体: Chr07 坐标: 25328561-25333361 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002626
名称SmilChr07G002626
描述uncharacterized SmilChr07G002626
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向25328561 - 25333361 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993693
GeneID130993693
locus_tag-
NCBI NameLOC130993693
原始查询SmilChr07G002626

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837591]; symbol=emb2004; hit=AT1G10510; species=arabidopsis; confidence=high
产物RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837591]; symbol=emb2004; hit=AT1G10510; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G10510 (emb2004)
RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837591]
identity=72.5; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0237502
-
identity=63.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13516 (LRR_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993693

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057774699.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774700.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057774699.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774700.1
5 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057774699.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:25329662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B99,D4
Chr7:25329880 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:25331346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C14
Chr7:25332818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B43,B89,B95,C43
Chr7:25332819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B43,B89,B95,C43
Chr7:25332854 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:25332911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:25333169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774699.1
613 aa
N
1
306
613
LRR_1
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
C
PF00560 LRR_1 236-255 aa PF13516 LRR_6 236-255 aa PF13516 LRR_6 264-283 aa PF13516 LRR_6 345-366 aa PF13516 LRR_6 376-393 aa PF13516 LRR_6 403-424 aa PF13516 LRR_6 430-452 aa PF13516 LRR_6 458-480 aa PF13516 LRR_6 513-536 aa PF13516 LRR_6 546-565 aa
XP_057774700.1
492 aa
N
1
246
492
LRR_1
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
LRR_6
C
PF00560 LRR_1 115-134 aa PF13516 LRR_6 115-134 aa PF13516 LRR_6 143-162 aa PF13516 LRR_6 224-245 aa PF13516 LRR_6 255-272 aa PF13516 LRR_6 282-303 aa PF13516 LRR_6 309-331 aa PF13516 LRR_6 337-359 aa PF13516 LRR_6 368-387 aa PF13516 LRR_6 392-415 aa PF13516 LRR_6 425-444 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774699.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 236 255 5.8e-11 41.0 Leucine Rich Repeat
XP_057774699.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 236 255 1.6e-49 162.7 Leucine Rich repeat
XP_057774699.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 264 283 1.6e-49 162.7 Leucine Rich repeat
XP_057774699.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 345 366 1.6e-49 162.7 Leucine Rich repeat
XP_057774699.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 376 393 1.6e-49 162.7 Leucine Rich repeat
XP_057774699.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 403 424 1.6e-49 162.7 Leucine Rich repeat
XP_057774699.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 430 452 1.6e-49 162.7 Leucine Rich repeat
XP_057774699.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 458 480 1.6e-49 162.7 Leucine Rich repeat
XP_057774699.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 513 536 1.6e-49 162.7 Leucine Rich repeat
XP_057774699.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 546 565 1.6e-49 162.7 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 115 134 2e-11 42.4 Leucine Rich Repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 115 134 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 143 162 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 224 245 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 255 272 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 282 303 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 309 331 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 337 359 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 368 387 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 392 415 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat
XP_057774700.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 425 444 4.6e-51 167.6 Leucine Rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918716.1
GAAATTCCGGCCCAAACAAACCCAAGTTTGGTGAAATGCAAGTAAACAGTGTATGAAGTTTCAGTACCATCATCTTCTTCTTCTTCTTCAATCGCCGTTCCATTCGATTCTATCCCTTTGCTCAACAGCTTCACTCAGCCCATACATACACCTAAATAGATGGTGTCTACTTCTGCGCTTTCTCTCTCTCCTCATCTAGAGATTAGTTTCTCTTTTCAAAACAAGCACACAACTCAACTATGGACCCTCACCTCCGCCAA...
XM_057918717.1
CAGCCGGCGGAGGCAGTTCGAGGCGTGGCGGTAGTTCTCGTAGGGTTTTCCAGGAGTCTCAAGCGCAAGCTCCTATTGCTCCGGTCAGACAAGCTGCTTCCTTTATTCTCCCTGCCGGCGCATTCGTAGTCGCCACTTTTGCTGACAGTTTTATGGAAACTGATGGAGAAAATCCTGGTGCCAAAATCGTCTGAGTCTGTAGCAGAAGAGGATAAACCTGCCTCCGGAGCGAAGTGGTCCTTCTCCCGGGGGACAAACTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130993693
ATGGTGTCTACTTCTGCGCTTTCTCTCTCTCCTCATCTAGAGATTAGTTTCTCTTTTCAAAACAAGCACACAACTCAACTATGGACCCTCACCTCCGCCAAGAGCGCTTCGCTCCGGCGCAGGGGGTCGGATTTAGCCCGCCATTTTACTCTAGTCAGCATCAATTCCAGACCATTAAGCTCGAGAAAATTCGTAATCAGAGCGGCGGCAGCCGGCGGAGGCAGTTCGAGGCGTGGCGGTAGTTCTCGTAGGGTTTTCCA...
LOC130993693
ATGGAGAAAATCCTGGTGCCAAAATCGTCTGAGTCTGTAGCAGAAGAGGATAAACCTGCCTCCGGAGCGAAGTGGTCCTTCTCCCGGGGGACAAACTTTTTGTCATCTTTTGGTGCGAAAGTTGAAAGGGAATCCAAAATGAGGCTAAATGATTTTGCCAGGGAGCTTAGATCATTTAGCAGCATTGACATGTCAGGTCGTAACTTTGGAGATGAAGGGTTATTCTTCCTAGCTGAGAGCTTGGCATATAATCAAACTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057774699.1
MVSTSALSLSPHLEISFSFQNKHTTQLWTLTSAKSASLRRRGSDLARHFTLVSINSRPLSSRKFVIRAAAAGGGSSRRGGSSRRVFQESQAQAPIAPVRQAASFILPAGAFVVATFVLWKLMEKILVPKSSESVAEEDKPASGAKWSFSRGTNFLSSFGAKVERESKMRLNDFARELRSFSSIDMSGRNFGDEGLFFLAESLAYNQTAEEVSFAANGITAKGIMAFDGILQSNVALKTLNLSGNSIGDEGVKCLCDILVK...
XP_057774700.1
MEKILVPKSSESVAEEDKPASGAKWSFSRGTNFLSSFGAKVERESKMRLNDFARELRSFSSIDMSGRNFGDEGLFFLAESLAYNQTAEEVSFAANGITAKGIMAFDGILQSNVALKTLNLSGNSIGDEGVKCLCDILVKNSGIQKLQLSSSAFGDEGAKAIAEMLKKNSTLRIIELNNNLIDYSGFSSLAGAILENKTILSIYLNGNYGGPLGAAALAKGLEGNKSLRELYLQGNSFGDEGAIALTSGLSSHKGKLTVLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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