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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002642

染色体: Chr07 坐标: 25576632-25579970 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002642
名称SmilChr07G002642
描述uncharacterized SmilChr07G002642
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向25576632 - 25579970 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993707
GeneID130993707
locus_tag-
NCBI NameLOC130993707
原始查询SmilChr07G002642

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger MYND domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843352]; symbol=AT1G70160; hit=AT1G70160; species=arabidopsis; confidence=high
产物zinc finger MYND domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843352]; symbol=AT1G70160; hit=AT1G70160; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G70160 (AT1G70160)
zinc finger MYND domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843352]
identity=77.5; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0392000
-
identity=76; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993707

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057774715.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057774715.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057774715.1
4 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057774715.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774715.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:25576796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr7:25577758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr7:25577804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B46,C61
Chr7:25577849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B119,B122,B81,C27
Chr7:25578387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B21,C55
Chr7:25578441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B21,C55
Chr7:25578472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B21,B36,C55
Chr7:25578524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C55
Chr7:25578527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B31,D6
Chr7:25578543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C55
Chr7:25578567 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B21,C55
Chr7:25578567 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 B21,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918732.1
AACTCCGTCAAATCAAACCCTTCCCCAATAGATGAAATCAAAGGCCCAACCGTCAAATTCCGGCTGAATTGGGCTCAATCCGATCATCACGAAGCATGCCGCCTTATGAGAAACAAGTGCGGTGGTTTCTGTCTTTCCTTCTCGTCGGGGTAGGGTTTGGGATTCAATTCGGTAACGCACTAAAGGTGCCGGTAAGATTCACCGACGTGCTCCCGGTGCTGCCGCGTCAGGTGTCGTGGCCCGTGCTCAACAACATCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993707
ATGCCGCCTTATGAGAAACAAGTGCGGTGGTTTCTGTCTTTCCTTCTCGTCGGGGTAGGGTTTGGGATTCAATTCGGTAACGCACTAAAGGTGCCGGTAAGATTCACCGACGTGCTCCCGGTGCTGCCGCGTCAGGTGTCGTGGCCCGTGCTCAACAACATCCACAGCGCCGTCGACTTGCTTCCGCAGTATATCGGATCCTTGGCGCCGGATAACGGGACGATTAAGTGGAAAGGCGCTTGTTTCTTCGAGAACGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774715.1
MPPYEKQVRWFLSFLLVGVGFGIQFGNALKVPVRFTDVLPVLPRQVSWPVLNNIHSAVDLLPQYIGSLAPDNGTIKWKGACFFENEGKIDFTSTGDRGIGGGVIHLSTAAAHSWSCMDLYVFATPYRVTWDYYFSARDHTLKIESWEEPAEIEYVKQHGISVFLMPSGMLGTFLSLVDILPLFSNTGWGQSANLAFLEKHMGASFEKRHQPWRTTINPEDVHSGDFLAVSKIRGRWGGFETLEKWVTGAFAGHTAVCMKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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