Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002651`

染色体: Chr07 坐标: 25682567-25685586 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002651`
名称	SmilChr07G002651
描述	formin-like protein 8
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	25682567 - 25685586 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993716`
GeneID	`130993716`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993716`
原始查询	`SmilChr07G002651`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	formin-like protein 8
产物	formin-like protein 8
Arabidopsis	`AT1G70140` (FH8) formin 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843350] identity=58.9; qcov=0.623; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0204100` (OsFH8) - identity=40.6; qcov=0.613; evalue=4.95e-101; confidence=medium
GO	GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG	-
Pfam	PF02181 (FH2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993716

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057774725.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774725.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774725.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774725.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774725.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:25683116`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr7:25683158`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B119,B122,B81,C27
`Chr7:25683231`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr7:25683295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr7:25683437`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,C45,C85
`Chr7:25683445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	36	A4,B1,B102,B103,B108,B11,B118,B15,B2,B43,B46,B51,B58,B64,B68,B71,B73,B83,B84,B9,B94,B95,C10,C11,C12,C30,C35,C4,C42,C45,C52,C55,C61,C67,C8,C84
`Chr7:25683447`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	A23,B122,B71,B77
`Chr7:25683447`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A23,B122,B71,B77
`Chr7:25683449`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	13	A15,A20,B115,B26,B35,B48,B79,B92,C29,C43,C56,C63,D2
`Chr7:25683457`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	15	A15,A20,B115,B21,B26,B35,B48,B79,B90,B92,C29,C43,C56,C63,D2
`Chr7:25683460`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B79
`Chr7:25683460`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774725.1

796 aa

398

796

FH2

PF02181 FH2 329-731 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774725.1`	Pfam	`PF02181`	FH2	Family	329	731	3.2e-102	343.2	Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918742.1
GTAAGATTGCACTAATGCTACCAATTCAACACCGAAACTTGGTTAAGATGAAATCGCGAAGGTTTCCACCGCCACCGATTCCCACAAATTACATTAAATTACCGTAATCAAGTAGTTTACTTTTGATCGCGAAGCTTTCCACGGCTACCCATTCACAGAATTAACAATAAATTAACCCTAATTAGTTTACTCGGTCGGCCGTCACGAAAGATTAAAAAATCGAACGGAAGGGTATTTCGGTCATTGCAGCGAGGAAGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993716
ATGGCTGCAGCAACGTTTCTTTGCTTCTTCATCTTCCTCATCATCTCTCATATTCCAGAATCTTCATCTCAACAGAACATCGAGACCTTCTATCCATTTTCTCCACCGCCTCTTCCGTCGATCGTTCAGCCGCCGGCGACTCCGGGCCCGCCTAGCTCCCTCCCTCCACCAACCGGCCCAGCAGTTGTGCCGCCGCGTAGGTCGTCGACGAAGGCGGCGGTGGGGAGGGCAATAGGCGTGACGGCTGCGAGCACCGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774725.1
MAAATFLCFFIFLIISHIPESSSQQNIETFYPFSPPPLPSIVQPPATPGPPSSLPPPTGPAVVPPRRSSTKAAVGRAIGVTAASTVVLSGLLLFLLLRYNSRRKREESPPSAAAAGGANGRSNGVAPQSSFTRYGGNVKGLIVDENGLDVLYWRNLQEGENQSGYKKQNFKSLREEQQEEEKRIVSERERERKSKPPVQEVPLLRGQSSTSQSLIWAAEKDVDVIDKAPSFSNGVALKVEKQASSVKLTPPPLPPPPGAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器