Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002653`

染色体: Chr07 坐标: 25700234-25701354 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002653`
名称	SmilChr07G002653
描述	germin-like protein subfamily 1 member 1
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	25700234 - 25701354 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993718`
GeneID	`130993718`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993718`
原始查询	`SmilChr07G002653`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	germin-like protein subfamily 1 member 1
产物	germin-like protein subfamily 1 member 1
Arabidopsis	`AT1G10460` (GLP7) germin-like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837586] identity=57.8; qcov=0.932; evalue=6.6e-77; confidence=high
Rice	`Os03g0179100` (OsGLP3-1) - identity=54.9; qcov=0.941; evalue=1.4e-72; confidence=high
GO	GO:0005618 (cell wall); GO:0030145 (manganese ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00190 (Cupin_1); PF07883 (Cupin_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993718

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057774737.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774737.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774737.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774737.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774737.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:25700603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B42,B43,B89,B95
`Chr7:25700607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,C32,C68
`Chr7:25700621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B42,B43,B89,B95
`Chr7:25700642`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr7:25700738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C6,C73,D3
`Chr7:25700897`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr7:25700912`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr7:25700979`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr7:25700981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B112,B12,B55
`Chr7:25700984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B112,B12,B55
`Chr7:25700987`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774737.1

219 aa

110

219

Cupin_1

Cupin_2

PF00190 Cupin_1 70-210 aa PF07883 Cupin_2 99-162 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774737.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	70	210	6.9e-40	136.8	Cupin
`XP_057774737.1`	Pfam	`PF07883`	Cupin_2	Domain	99	162	3.3e-08	33.8	Cupin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918754.1
ATAAATAATTCATAAAAATAAAACACAACAAAACAGCACAACACGCAAAGTTAGGTTATTTGCGTGTCTATAAACACCACCTAGTACTAGAATCTCATTATCACCAGTTATTTTCAATACCCTCCAAAAAACAAAAAGAGTTGCCTTCTTCTCTCATCATCCTACAATGCTCAAAAGCTACTCAATCTCATCCAAGTGGATACACATAATAGTTACTAATCAATAGCTGCCACTTGAGTCGTGCCTACTATATAAGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993718
ATGATGCAAAATCATTACTTTATTTTGTTGCTCCATCTCTTGTTACATTTGACGGGCCTCGCGAAATCCGACCCGGAAGCACTATACGATTACTGTGTAGCCGAGACCAAAACTCATCCAAATATATTTCTAAACAGCGTACCATGCATCAACCCCGACCATACTTTAGCTTCTCACTTTTGGACATCGGCATTGTCCGAAGGCGGTAGCATGAACCAATTTGATTTCAACGTTACTCTAACCAATGTGAACAACTTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774737.1
MMQNHYFILLLHLLLHLTGLAKSDPEALYDYCVAETKTHPNIFLNSVPCINPDHTLASHFWTSALSEGGSMNQFDFNVTLTNVNNLGGLNTLGLAMARIDIAVNGLVPPHSHPRASELTILLEGSLLVGFVDTSNRLYTQRLRPGDSFVFPKALIHFLYNTDISSPALAVSGLTSQNPGAQLSSLAAFASHPPLPDDVLRKGFKINGQDVARIRRNLGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器