当前解析结果
SmilChr07G002654| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002654 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002654 |
| 描述 | probable galacturonosyltransferase-like 9 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 25706172 - 25707765 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993719 |
|---|---|
| GeneID | 130993719 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993719 |
| 原始查询 | SmilChr07G002654 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable galacturonosyltransferase-like 9 |
| 产物 | probable galacturonosyltransferase-like 9 |
| Arabidopsis | AT1G70090 (LGT8)glucosyl transferase family 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843345] identity=67.4; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0739400- identity=63.9; qcov=0.863; evalue=2.92e-146; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01501 (Glyco_transf_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993719 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057774738.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774738.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774738.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774738.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774738.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:25706712 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,B99,D10 |
Chr7:25706772 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr7:25707123 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr7:25707156 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B137,C28,C71 |
Chr7:25707261 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:25707306 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B76,B87,C13,C60 |
Chr7:25707405 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B2,C45,C68 |
Chr7:25707435 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B112,B113,B12,B55 |
Chr7:25707458 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B27,B44,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774738.1PF01501
Glyco_transf_8 73-333 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774738.1 |
Pfam | PF01501 |
Glyco_transf_8 | Family | 73 | 333 | 1.5e-53 | 182.7 | Glycosyl transferase family 8 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。